公司章程修改的主要限制包括以下几个方面：

1. 法定限制：

   • 修改程序：根据《公司法》的相关规定，公司章程的修改必须遵循严格的程序。通常，这需要由公司的董事会或执行董事提出修改方案，然后经过股东会或股东大会的特别决议通过。特别决议通常要求代表三分之二以上表决权的股东通过，具体比例可能因公司类型（如有限责任公司、股份有限公司）及章程规定而有所不同。这一程序确保了修改章程的严肃性和股东权益的保护。
   • 内容合法性：修改后的公司章程内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不能剥夺股东的基本权利，不能设定不合理的限制条件等。

2. 章程自身限制：

   • 原有条款约束：公司章程在制定时可能已经对某些事项的修改设定了限制条件，如修改需满足特定条件、需经过特定程序或需获得特定比例股东的同意等。这些原有条款对后续的修改构成了直接限制。
   • 保护小股东利益：为了防止大股东滥用修改权损害小股东利益，公司章程可能规定了对小股东权益的保护措施，如修改章程需获得小股东的一定比例同意等。

3. 股东权益保护限制：

   • 股东权利保障：公司章程的修改不得侵犯股东的合法权益，如股权转让权、分红权、表决权等。如果修改内容涉及这些核心权利，必须确保修改程序合法且内容合理，否则可能引发股东之间的纠纷或法律诉讼。
   • 异议股东回购请求权：在某些情况下，如果股东对修改后的公司章程持有异议，且该修改严重损害了其利益，股东可能享有要求公司回购其股权的权利。这一权利的存在对修改章程构成了一定的限制。

4. 实际运营限制：

   • 业务连续性：公司章程的修改应考虑到公司的实际运营情况，避免因修改导致公司业务中断或运营困难。例如，如果修改涉及公司经营范围的变更，需要确保新业务与原有业务能够顺利衔接，且公司具备开展新业务的能力和资源。
   • 第三方利益：公司章程的修改还可能影响到与第三方（如供应商、客户、合作伙伴等）的合作关系。因此，在修改前需要评估修改内容对第三方利益的影响，并采取相应的措施进行沟通和协调。

法律建议：

• 在修改公司章程前，建议公司先进行内部讨论和协商，确保修改内容符合公司发展战略和股东利益。
• 修改过程中应严格遵守法定程序和公司章程的规定，确保修改的合法性和有效性。
• 如果修改内容涉及股东核心权利或可能引发争议，建议提前与股东进行沟通并征求其意见，以减少后续纠纷的风险。

可能后果：

• 如果公司章程修改程序不合法或内容违反法律法规，可能导致修改无效或引发法律诉讼。
• 修改内容如果损害了股东利益或引发股东之间的纠纷，可能影响公司的稳定运营和声誉。

如有任何关于公司章程修改的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。