在同案犯中，当一人选择认罪而另一人坚持不认罪时，司法机关会依据一系列严谨的法律程序和原则来处理此类案件，确保公正裁决。以下是对此情况的详细分析：
一、司法机关的基本处理原则
重证据、重调查研究：
- 司法机关在处理案件时，始终遵循“以事实为根据，以法律为准绳”的原则，重视证据的收集和调查研究的深入。不轻信任何一方的口供，而是依据全面、客观的证据来作出判断。
认罪认罚从宽处理：
- 对于自愿认罪认罚的犯罪嫌疑人，法律允许在量刑时给予一定的从宽处理。这是为了鼓励犯罪嫌疑人坦白罪行，提高诉讼效率，并体现法律对悔罪态度的肯定。
二、对认罪者的影响
从宽处理情节：
- 认罪的同案犯有机会获得从轻或者减轻处罚的量刑优惠。这取决于其认罪的真诚度、配合司法机关调查的程度以及案件的具体情况。
证据作用：
- 认罪者的供述可以作为重要证据使用，有助于司法机关更全面地了解案件情况，加速案件审理进程。同时，其供述也可能与其他证据相互印证，形成完整的证据链。
三、对不认罪者的影响
面临更严格审查：
- 不认罪的犯罪嫌疑人将面临司法机关更为细致和严格的证据核实。司法机关会全力收集其他证据，如物证、书证、证人证言等，以确保判决的准确性和公正性。
失去从轻机会：
- 由于不认罪，该犯罪嫌疑人通常无法享受因认罪而获得的从轻处罚机会。在量刑时，司法机关会根据其犯罪情节、社会危害程度等因素，依法作出相对较重的刑罚。
四、司法机关的具体处理方式
分别审讯与调查取证：
- 司法机关会对两名犯罪嫌疑人进行分别审讯，以避免串供或相互影响。同时，积极收集与案件相关的证据，包括物证、书证、证人证言等。
综合判断与法律适用：
- 司法机关会根据收集到的证据和犯罪嫌疑人的供述进行综合判断。如果一名犯罪嫌疑人的供述与其他证据相互印证，形成完整的证据链，而另一名犯罪嫌疑人拒不认罪且没有其他证据支持其无罪主张，那么司法机关可能会更倾向于采信有证据支持的供述。
- 在法律适用上，对于共同犯罪案件中部分被告人不认罪或者对适用简易程序有异议的，不适用简易程序审理。在普通程序中，法院将全面审查证据，听取控辩双方的意见，并根据法律规定作出判决。
分别审理与判决：
- 对于认罪和不认罪的同案犯，司法机关可以选择分开结案，根据各自的情况进行审理和判决。这有助于确保每名犯罪嫌疑人的合法权益得到充分保障，并提高诉讼效率。
五、实践中的注意事项
确保认罪认罚的自愿性：
- 司法机关应严格审查认罪认罚的自愿性、真实性和合法性，防止因非法手段导致的虚假认罪。这有助于维护司法公正和犯罪嫌疑人的合法权益。
保护不认罪者的合法权益：
- 即使嫌疑人不认罪，司法机关也应确保其享有充分的辩护权和其他合法权益。这包括提供法律援助、允许其提出无罪或罪轻的证据和理由等。
六、具体案例分析（以共同盗窃为例）
假设在共同盗窃案件中，一名犯罪嫌疑人如实交代了盗窃的详细情况，包括作案时间、地点、手段等，并表示愿意认罪认罚。而另一名犯罪嫌疑人则坚称自己没有参与犯罪，拒不认罪。
- 司法机关在处理时，会综合考虑认罪者的供述与其他证据（如现场勘查笔录、监控视频、指纹鉴定等），以形成完整的证据体系。
- 对于认罪者，司法机关可能会给予从宽处理，如减轻刑罚或适用缓刑等。
- 对于不认罪者，司法机关则需收集更多确凿证据来证明其犯罪事实。如果证据确实、充分，且能够排除合理怀疑，那么司法机关将依法对其作出有罪判决，并在量刑时考虑其不认罪的态度和情节。
综上所述，同案犯中一人认罪而另一人不认罪时，司法机关将依据法律法规进行公正、细致的审理和判决。在此过程中，认罪与否将对犯罪嫌疑人的法律后果产生重要影响。而司法机关将秉持“重证据、重调查研究”的原则，确保每起案件都能得到公正、准确的裁决。