非证载面积的认定主要依据的是各地政府根据相关法律法规，结合本地实际情况制定的具体政策或办法。虽然不同地区的具体规定可能有所不同，但通常都会遵循一些基本的原则和程序。以下是一些一般性的认定依据和程序，供您参考：
一、认定依据
法律法规：
- 主要依据《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国房地产管理法》等相关法律法规，这些法律法规对房屋的登记、建设、使用等方面有明确规定。
地方政策：
- 各地政府会根据上述法律法规，结合本地实际情况，制定具体的未登记建筑（包括非证载面积）认定和处置办法。例如，您提到的《重庆市潼南区国有土地上房屋征收范围内未经登记建筑处置办法》和《扶余市人民政府关于对我市国有土地上房屋征收工作若干问题的批复》等，都是地方政策的具体体现。
历史资料：
- 在认定非证载面积时，还会参考房屋的历史资料，如修建年代证明、航拍图、街道证明等，以确定房屋的实际存在情况和合法性。
二、认定程序
申报与调查：
- 房屋所有权人或使用人需要向相关部门申报未经登记建筑（包括非证载面积）的情况。
- 相关部门会组织人员进行现场调查，了解房屋的实际状况，包括面积、结构、用途等。
会审与认定：
- 调查完成后，相关部门会组织集体会审，根据法律法规和地方政策，对未经登记建筑的合法性进行认定。
- 认定为合法建筑的，会给予相应的补偿或安置；认定为违法建筑的，则不予补偿或安置。
公示与异议处理：
- 认定结果会在房屋征收范围内进行公示，接受社会监督。
- 如果房屋所有权人或使用人对认定结果有异议，可以向相关部门提出复核申请，由测绘单位重新进行测绘或相关部门重新进行认定。
三、具体案例参考
- 以《重庆市潼南区国有土地上房屋征收范围内未经登记建筑处置办法》为例，该办法明确规定了未经登记建筑的定义、认定小组职责、调查认定程序等，为非证载面积的认定提供了具体依据。
- 以《扶余市人民政府关于对我市国有土地上房屋征收工作若干问题的批复》为例，该批复详细规定了未登记房屋的处理办法、认定标准和房屋面积的认定方法，为类似情况的处理提供了参考。
四、建议
- 如果您面临非证载面积的认定问题，建议首先查阅当地政府发布的相关政策或办法，了解具体的认定依据和程序。
- 如果对认定结果有异议，可以及时向相关部门提出复核申请，维护自己的合法权益。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。