超市因库存亏损要求员工赔偿是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、员工存在故意或重大过失的情况

如果员工在工作过程中存在故意或重大过失，导致超市出现库存亏损，例如故意损坏商品、私自将商品带出超市、未按照规定的流程进行盘点或记录等，超市在对外承担相应责任后，有权根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条的规定，向这些有故意或重大过失的员工追偿部分或全部损失。追偿的比例和金额应结合具体情况合理确定，比如员工故意损坏的商品价值、私自带出的商品数量及价值等。

二、员工不存在故意或重大过失的情况

如果员工已经按照超市规定的流程和要求进行工作，且没有故意或重大过失，而库存亏损的出现是由于商品供应商提供的商品本身存在问题（如商品质量不合格导致退货）、超市管理制度不完善（如盘点流程存在漏洞）、市场变化（如商品滞销）等非员工原因导致的，那么超市要求员工赔偿是不合法的。此时，让员工承担赔偿责任缺乏法律依据，因为员工已经尽到了自己的工作职责，没有过错。

三、超市是否明确告知员工相关职责和规章制度

超市有责任明确告知员工相关的操作规范、盘点流程、质量要求以及库存管理的规章制度等。如果超市没有明确告知，员工在不知情的情况下导致出现库存亏损的情形，此时要求员工赔偿也是不合理的。因为员工履行工作职责需要以明确的指示和要求为前提，超市未尽到告知义务，就不能将责任全部归咎于员工。

四、超市的规章制度与法律责任

超市在制定规章制度时，应确保其内容合法、合规，不侵犯员工的合法权益。超市不能随意扣减员工工资或采取其他侵犯员工权利的行为来作为对库存亏损的赔偿。一切赔偿要求都应基于法律法规和公平合理的原则进行。如果超市的规章制度违反了法律法规的规定，那么该规章制度是无效的，不能作为要求员工赔偿的依据。

总结与建议：

超市在要求员工对库存亏损进行赔偿时，必须谨慎行事，确保其行为符合法律法规的要求。在判断员工是否需要承担责任时，应综合考虑员工的过错程度、超市的告知义务以及规章制度的合理性等因素。如果超市要求员工赔偿缺乏法律依据或不合理，员工有权拒绝并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，建议超市加强内部管理，完善规章制度，提高员工的法律意识和职业素养，以共同维护良好的经营秩序和员工权益。

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