结论：单位因员工迟到扣福利费是否合法，需分情况讨论，主要取决于单位规章制度是否合法有效以及福利费的性质。具体分析如下：

1. 若单位规章制度合法且福利费属于工资组成部分
   根据《劳动合同法》第四条及《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位通过民主程序制定的规章制度（如员工手册）中明确规定“迟到扣减福利费”，且该制度已向劳动者公示或告知的，原则上具有法律效力。但需注意：

   • 工资性质限制：若“福利费”属于法定工资组成部分（如交通补贴、餐补等与劳动对价直接相关的补贴），则单位无权单方扣减。根据《工资支付暂行规定》第十六条，仅在劳动者因本人原因给单位造成经济损失时，单位可按劳动合同约定扣减工资，且每月扣减比例不得超过20%。
     
   • 扣减合理性：即使规章制度允许扣减，扣减金额也需与迟到行为造成的损失相当。例如，迟到10分钟扣减当月全部福利费可能被认定为不合理。

2. 若单位规章制度违法或福利费属于非工资性福利

   • 规章制度违法情形：若单位未通过民主程序制定规章制度，或未向劳动者公示/告知，则该制度对劳动者不产生约束力。此时单位以迟到为由扣减福利费缺乏法律依据，劳动者可主张返还。
     
   • 非工资性福利性质：若“福利费”属于单位自主发放的额外福利（如节日礼金、年终奖等），且规章制度明确约定“福利发放与考勤挂钩”，则单位可能有权扣减。但需注意：
     
     • 规章制度需经民主程序制定并公示；
       
     • 扣减条款需明确具体（如“每月迟到超过3次，取消当月福利”）；
       
     • 不得违反法律强制性规定（如最低工资标准）。

建议行动：

1. 核查规章制度：要求单位出示经民主程序制定并公示的规章制度，确认其中关于“迟到扣福利费”的具体条款；
   
2. 区分福利性质：通过工资条、劳动合同等证据，判断“福利费”是否属于工资组成部分；
   
3. 协商或投诉：若单位行为违法，可先与单位协商要求返还扣款；协商不成可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张权益。
   

温馨提示：劳动争议案件中，劳动者需承担初步举证责任（如证明扣款事实、规章制度未公示等）。建议保留考勤记录、工资条、规章制度文本等证据，以便后续维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。