可以申请劳动仲裁。工资支付方式，包括是否通过公司农民工专户支付，并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。下面我将从多个角度为你详细分析：

1. 劳动仲裁的适用范围： 劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，其适用范围广泛，包括但不限于因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等发生的争议。工资支付争议，作为劳动争议的一种，自然也在劳动仲裁的受理范围之内。

2. 工资支付方式与劳动仲裁的关系： 工资支付方式，无论是通过公司农民工专户支付，还是通过其他方式支付，都不影响劳动者与用人单位之间因工资支付产生的争议性质。只要劳动者认为用人单位在工资支付方面存在违法行为，如拖欠工资、未足额支付工资等，都可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁。

3. 申请劳动仲裁的条件和流程：

   • 条件：劳动者与用人单位之间存在劳动争议，且该争议属于劳动仲裁的受理范围。
   • 流程：劳动者应首先向用人单位所在地的劳动仲裁机构提交仲裁申请书，并附上相关证据材料。劳动仲裁机构在受理申请后，会组织双方进行调解或开庭审理，并作出裁决。

4. 针对你情况的建议：

   • 收集证据：在申请劳动仲裁前，建议你先收集好与工资支付相关的证据材料，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明你的主张。
   • 咨询专业意见：虽然你可以直接申请劳动仲裁，但在申请前咨询专业律师的意见也是很有帮助的。律师可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议和仲裁策略。
   • 及时申请：如果你认为用人单位在工资支付方面存在违法行为，建议你及时申请劳动仲裁，以免超过仲裁时效而丧失维权机会。

总之，工资由公司农民工专户支付并不影响你申请劳动仲裁的权利。如果你在工资支付方面与用人单位存在争议，可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。