关于劳务关系中农民工工资保证金的返还问题，一般情况下应由收取该保证金的主体进行返还，但具体返还责任需根据保证金的性质、收取主体及双方约定等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、保证金性质与收取主体
行政性保证金：
- 在某些地区或行业，政府或相关部门可能要求建设单位或施工单位缴纳农民工工资保证金，作为确保农民工工资按时足额发放的保障措施。
- 返还责任：此类保证金通常由收取的政府或相关部门负责返还。在工程竣工验收合格且无拖欠农民工工资情况后，相关部门会按照规定程序将保证金返还给缴纳单位。
合同性保证金：
- 如果保证金是基于劳务合同或相关协议由建设单位、施工单位或劳务分包单位等收取，并明确约定了保证金的返还条件和方式。
- 返还责任：则根据合同约定，由收取保证金的单位在满足返还条件时负责返还。这通常要求工程完工、农民工工资已结清且无其他争议。
二、返还条件与程序
工程完工与验收：
- 无论是行政性保证金还是合同性保证金，工程完工并通过验收通常是返还保证金的前提条件之一。
农民工工资结清：
- 确保所有农民工工资已按时足额发放，无拖欠情况，是返还保证金的另一重要条件。
申请与审核：
- 缴纳单位需向收取保证金的主体提交返还申请，并提供相关证明材料（如工程验收报告、工资发放记录等）。
- 收取主体会对申请进行审核，确认满足返还条件后，按照规定程序办理返还手续。
三、特殊情况与争议解决
保证金被挪用或无法返还：
- 如果收取保证金的主体因故无法返还保证金（如破产、资金链断裂等），缴纳单位可能面临损失。
- 建议：在这种情况下，缴纳单位可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
争议解决：
- 如果双方对保证金的返还存在争议（如返还金额、返还时间等），可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
- 建议：在争议解决过程中，保留好相关证据（如合同、收据、工资发放记录等），以便在需要时提供证明。
四、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 在签订劳务合同时，应明确约定保证金的性质、金额、收取主体、返还条件及程序等条款，以避免后续争议。
保留证据：
- 缴纳单位应妥善保管与保证金相关的所有证据（如收据、银行转账记录、合同等），以便在需要时提供证明。
及时申请：
- 在满足返还条件时，缴纳单位应及时向收取保证金的主体提交返还申请，并跟进返还进度，确保自身权益不受损害。
总结来说，劳务关系中农民工工资保证金的返还问题涉及多个方面，包括保证金的性质、收取主体、返还条件及程序等。在实际操作中，建议缴纳单位明确约定相关条款、保留好相关证据，并在满足返还条件时及时申请返还。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。