农民工工资保证金应由施工总承包单位缴纳，并交给工程所在地政府部门指定的机构或账户。这一制度旨在保障农民工的合法权益，确保在施工单位拖欠农民工工资时，能够及时支付农民工的劳动报酬。以下是对这一问题的详细解答：
一、缴纳主体与责任
主要缴纳主体：
- 根据《保障农民工工资支付条例》及相关规定，施工总承包单位是农民工工资保证金的主要缴纳主体。这包括直接承包建设单位发包工程的专业承包企业。
特殊情况下其他主体：
- 在某些特殊情况下，如建设单位未按合同约定及时拨付工程款导致拖欠农民工工资，建设单位可能需要在未拨付工程款的范围内承担责任，并在某些地方规定中缴存一定比例的工资保证金。
- 分包单位在部分地区也可能被要求缴存工资保证金，以进一步保障工资支付。但需注意，分包单位缴存工资保证金并不免除施工总承包单位的法律责任。
二、缴纳方式与比例
缴纳方式：
- 工资保证金可以通过银行保函、工程担保公司保函或现金等多种方式缴纳。其中，银行保函和工程担保公司保函因手续简便、不占用企业大量资金等优点而较为常见。
缴纳比例：
- 缴纳比例因地区而异，但一般不低于工程施工合同额的1%，且不超过3%。具体比例由各地根据实际情况确定。
- 对于单个工程合同额较高的项目，可设定存储上限。总包单位有多个在建工程的，存储比例可适当下浮，但不得低于施工合同额的0.5%。
- 施工合同额低于300万元的工程，可免除保证金。连续2年未发生工资拖欠的单位，其新增工程可降低比例，降幅不低于50%；连续3年未发生工资拖欠，则可免交工资保证金。
三、管理与使用
专款专用：
- 农民工工资保证金实行专款专用，仅用于清偿或先行清偿施工总承包单位所承包工程拖欠的农民工工资，不得挪作他用。
账户管理：
- 施工总承包单位应在工程所在地的银行存储工资保证金或申请开立银行保函。工资保证金账户内本金和利息归开户的施工总承包单位所有。
- 在账户被监管期间，企业可自由提取和使用工资保证金的利息及其他合法收益。
四、法律责任
- 如果施工总承包单位未按时缴纳工资保证金，可能会面临警告、责令限期改正以及罚款等不同程度的行政处罚。这些处罚措施旨在确保制度的严格执行和农民工权益的有效保护。
五、实际指导意义
农民工工资保证金制度是保障农民工工资权益的重要措施，有助于减少工资拖欠现象，维护社会稳定。施工总承包单位应严格遵守相关规定，按时足额缴纳工资保证金，并加强账户管理，确保资金安全有效使用。同时，政府相关部门也应加强监管力度，确保制度得到有效执行。
总结与建议：作为施工总承包单位，务必重视农民工工资保证金的缴纳工作，确保按时足额缴纳，并加强账户管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。