针对您提出的“营运车辆超载，法院如何判决停运损失”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据
首先，我们需要明确的是，营运车辆因超载等违法行为导致的停运损失，其赔偿问题在法律上有明确的依据。主要涉及《中华人民共和国民法典》的相关条款以及最高人民法院的司法解释。特别是《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条明确规定，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因道路交通事故无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。
二、停运损失的确定与计算
停运时间的确定：
- 法院会根据车辆实际维修时间、交通管理部门扣车进行检验、鉴定的时间以及合理的恢复营运准备时间来综合确定停运时间。
- 维修记录、检验鉴定报告等是确定停运时间的重要依据。若因超载等违法行为导致的事故，且该行为被认定为事故责任的一部分，那么停运时间可能会因此延长，因为可能需要更严格的检验和鉴定。
停运损失计算标准：
- 收入计算：综合考虑受损车辆的以往营运收入情况（如财务报表、营运记录）及同行业、同类型车辆的平均收入水平来确定预期收入。若车辆运营人平时跑车收入高于行业平均标准，可提供近三个月的流水减去成本后的数据来计算停运损失。
- 成本扣除：在计算停运损失时，需扣除停运期间未实际发生的可变成本，如燃料费、维修保养费等。但固定成本如折旧费、保险费等，即使车辆停运，这些费用仍然会产生，因此不予扣除。不过，需要注意的是，如果超载行为导致了额外的维修费用或保险费用增加，这部分费用在计算停运损失时可能不会被完全扣除，而是会作为事故责任的一部分进行考量。
特殊情况考虑：
- 如果超载行为被认定为事故的主要或全部责任，那么受损方在请求停运损失赔偿时，可能会面临一定的责任划分问题。即，法院可能会根据事故责任的比例来判定侵权人应承担的停运损失赔偿比例。
三、证据要求
申请赔偿时，车辆运营人需提供相关证据以证明停运损失的具体数额。这些证据包括但不限于：
- 营运证、营运合同、营运台账、银行流水等营运车辆及营运收入证据；
- 交警部门出具的处理交通事故的扣车天数证明；
- 车辆维修机构出具的进出厂日期证明、修车工时证明、提车单等停运时间证据；
- 如果可能，还应提供因超载行为导致事故责任认定的相关证据，如交警部门的事故责任认定书等。
四、法院判决的考虑因素
在判决停运损失赔偿时，法院会综合考虑以下因素：
- 事故责任划分：如果超载行为被认定为事故责任的一部分，法院会根据责任比例来判定赔偿金额。
- 停运时间的合理性：法院会审查停运时间是否合理，包括维修时间、检验鉴定时间等。
- 停运损失的合理性：法院会审查停运损失的计算是否合理，包括收入计算、成本扣除等。
- 证据的充分性：法院会审查车辆运营人提供的证据是否充分、真实、有效。
五、建议
- 遵守交通法规：营运车辆应严格遵守交通法规，避免超载等违法行为，以减少事故风险和停运损失。
- 及时收集证据：在发生事故后，车辆运营人应及时收集并整理相关证据，以确保能够准确计算并证明停运损失的具体数额。
- 咨询专业律师：由于停运损失赔偿问题涉及多个方面和复杂的法律规定，建议车辆运营人在处理此类问题时及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。
综上所述，营运车辆因超载等违法行为导致的停运损失赔偿问题是一个复杂而细致的问题。法院在判决时会综合考虑多个方面并依据相关法律法规进行准确计算和认定。因此，车辆运营人在处理此类问题时应充分了解相关法律法规和证据要求，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。