营运车辆厢式货车违法运输导致的停运损失，法院一般会根据具体情况判决由侵权人承担赔偿责任，同时考虑车辆所有人、挂靠公司以及保险公司的责任。以下是对此问题的详细分析：

一、侵权人责任

根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条第（三）项的规定，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。这意味着，如果营运车辆因交通事故（包括违法运输导致的交通事故）而停运，受损方有权要求侵权人赔偿停运期间的合理经济损失。

停运损失的计算：

• 通常参照受诉法院所在地上一年度交通运输业行业标准，并结合本地客运车辆平均营运收入水平确定。
• 如果停运损失进行了鉴定，则参照有效鉴定意见确定。
• 停运期间一般为送修之日至实际修理完毕之日，但车主怠于送修或提车导致的扩大部分损失不予支持。

计算公式示例（假设参照行业标准计算）：

• 停运损失 = 日均营运收入 × 停运天数
• 例如，若日均营运收入为500元，停运天数为20天，则停运损失为500元/天 × 20天 = 10000元。

二、车辆所有人及挂靠公司责任

如果营运车辆挂靠在其他公司名下从事运输活动，根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十一条的规定，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。因此，车辆所有人及其挂靠公司可能需要对停运损失承担连带赔偿责任。

三、保险公司责任

关于保险公司是否承担停运损失的赔偿责任，主要取决于保险合同的约定。停运损失通常被视为间接财产损失，不计入交强险赔偿范围。对于商业三者险是否赔付，应以保险合同约定为准。如果保险公司已就停运损失免赔的条款对投保人作出了提示和明确说明，保险公司应在商业险范围内免责。这种情况下，停运损失应由实际侵权人负责赔偿。

四、实际案例参考

以屏边法院审结的一起涉及营运车辆的交通事故责任纠纷案为例，法院根据原告提交的驾驶证、行驶证、道路运输证复印件、事故前3月的流水单及微信聊天记录、保险单等证据，佐证了其停运损失，并参照云南省2023年交通运输业平均工资的标准计算了停运损失，最终判决侵权人承担赔偿责任，同时挂靠人和被挂靠公司承担了连带赔偿责任。

五、建议与注意事项

1. 及时收集证据：受损方应尽快收集并整理相关证据，如维修记录、营运收入证明等，以证明停运损失的具体数额。
2. 了解保险条款：在购买保险时，应仔细阅读保险合同条款，特别是关于停运损失免赔的约定。
3. 寻求法律帮助：如果对停运损失的赔偿有疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。

如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。