营运车辆因违法运输导致停运，法院对侵权人的赔偿判决主要依据停运损失的实际计算情况，并遵循公平、合理的原则进行。以下是对此问题的详细分析：

一、赔偿原则与法律依据

根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因道路交通事故（此处可类比理解为因违法运输导致的停运，原理相通）无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。赔偿时应遵循公平、合理原则，确保受损方的合法权益得到有效保障。

二、停运损失的具体计算方式

停运损失的计算通常涉及多个方面，包括但不限于：

1. 营运收入：

   • 若营运车辆司机有固定收入，按实际减少的收入计算。例如，司机每月固定工资为8000元，停运一个月则损失8000元。
   • 若无固定收入，则参照最近三年的平均收入或受诉法院所在地相同、相近行业上一年度职工的平均工资计算。如不能提供近三年收入证明，可按当地交通运输行业上一年度职工平均工资计算。
   • 若车辆运营人平时跑车收入高于行业平均标准，可提供近三个月的流水减去成本后的数据来计算停运损失。

2. 运营成本：

   • 包括固定成本（如购车成本分摊、保险费分摊等）和可变成本（如燃油费、保养费、过路费等）。在计算停运损失时，应扣除停运期间不必支出的变动成本。

3. 计算方法：

   • 通常采用“日净收入×停运天数”的方式计算，其中日净收入根据车辆运营人提供的证据确定，停运天数包括合理的事故处理时间和维修时间。

三、停运时间的确定

停运时间以车辆实际维修、合理修复或处理事故所耽误的时间为准。通常由维修厂出具维修时间证明，或者结合事故处理流程的相关记录等综合判断。若因修理厂故意配合增加维修时间等不合理情况导致停运时间延长，应提出抗辩并申请法院查明或做车辆鉴定。

四、证据要求

车辆运营人在主张停运损失时，需提供以下证据：

• 营运证、营运合同、营运台账、银行流水等营运车辆及营运收入证据；
• 交警部门出具的处理交通事故（或类似事件）的扣车天数证明；
• 车辆维修机构出具的进出厂日期证明、修车工时证明、提车单等停运时间证据。

五、保险赔偿问题

• 交强险：通常不承担对受害人的间接经济损失（如停运损失）的赔偿责任。但部分法院会判决交强险在责任限额范围内对停运损失进行赔偿，这取决于具体案件情况和法院的裁判尺度。
• 商业第三者责任保险：是否赔偿停运损失需依据保险合同约定以及保险公司是否尽到提示和明确说明义务进行认定。若保险合同中有特殊条款对停运损失作出明确约定，且保险公司已尽到相关义务，则可能获得赔偿；反之，则可能无法获得赔偿。

六、实际操作建议

1. 及时收集证据：在停运期间，务必及时收集并保存相关证据，以便在主张赔偿时提供有力支持。
2. 咨询专业律师：虽然此处不直接建议咨询其他律师，但你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
3. 考虑诉讼或调解：若与侵权人或保险公司无法就赔偿问题达成一致，可考虑通过诉讼或调解等方式维护自身权益。

举例说明：假设一辆营运货车因违法运输被扣留，导致停运15天。该货车司机每月固定收入为12000元，停运期间无其他收入。同时，该货车每月固定成本为3000元（如保险费、折旧费等），可变成本在停运期间无需支出。则该货车司机的停运损失可计算为：（12000元/月 ÷ 30天）× 15天 - 0元（可变成本无需支出）= 6000元 - 0元 = 6000元。若侵权人或保险公司拒绝赔偿，该货车司机可依据上述证据和计算方法向法院提起诉讼。

综上所述，营运车辆因违法运输导致停运时，法院对侵权人的赔偿判决主要依据停运损失的实际计算情况，并遵循公平、合理的原则进行。在实际操作中，建议及时收集证据并直接向我咨询以获取更准确的法律意见和帮助。