在探讨如何确定确认行政协议无效的管辖问题时，我们首先要明确的是，这主要涉及到法律适用和司法程序的规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律适用基础
确认行政协议无效，主要依据的是《中华人民共和国行政诉讼法》及其司法解释，同时参照适用《中华人民共和国民法典》中关于合同无效的规定，以及特定领域的行政法律法规。
《中华人民共和国行政诉讼法》：该法第七十五条明确规定了行政行为无效的情形，即行政行为若存在实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院应当判决确认无效。这为行政协议无效的判断提供了基本法律依据。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》：该解释第九十九条进一步细化了“重大且明显违法”的情形，为法院判断行政协议是否无效提供了具体标准。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》：这一司法解释专门针对行政协议案件，其中第十二条明确指出，行政协议存在行政诉讼法第七十五条规定的重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效。
《中华人民共和国民法典》：由于行政协议同时具有行政性和合同性特征，法院在审理行政协议案件时，可以参照适用民法典中关于合同无效的规定，如虚假意思表示、违反法律强制性规定、违背公序良俗等情形。
二、管辖确定原则
在确定了确认行政协议无效的法律适用基础后，我们来看管辖的确定原则：
地域管辖：一般来说，行政协议纠纷由被告所在地或者协议履行地的人民法院管辖。这是基于方便当事人诉讼和法院审理的原则确定的。
级别管辖：级别管辖则根据案件的性质、影响范围以及标的额等因素来确定。一般来说，基层人民法院管辖第一审行政案件，但涉及重大、复杂或者影响较大的案件，可能由中级人民法院甚至高级人民法院管辖。
专属管辖：对于某些特定类型的行政协议纠纷，法律可能规定了专属管辖，即只能由特定的法院管辖。这通常是为了保护特定的公共利益或者方便法院审理。
三、实际操作建议
在实际操作中，当事人在涉及行政协议纠纷时，应：
全面审查协议内容：包括协议的签订主体、内容、程序等是否符合法律法规的规定。
收集相关证据：如协议文本、履行情况、相关法律法规等，以证明自己的主张。
咨询专业律师：由于行政协议纠纷涉及复杂的法律问题，建议当事人咨询专业律师，以获取准确的法律意见和代理服务。
依法提起诉讼：在确认管辖法院后，当事人应依法提起诉讼，通过合法途径解决争议。
综上所述，确定确认行政协议无效的管辖问题，需要综合考虑法律适用基础、管辖确定原则以及实际操作建议。当事人在涉及此类纠纷时，应全面审查协议内容、收集相关证据、咨询专业律师，并依法提起诉讼以维护自己的合法权益。