结论：若要在包工包料合同中约定全部开具材料发票，需在合同中明确发票类型、开票主体、开票时间、违约责任等关键条款，同时需注意税务合规性及合同条款的合法性。以下为具体合同签订要点：

1. 明确合同性质与发票类型

   • 在合同中明确约定合同性质为“包工包料”，但特别注明“乙方（施工方/材料供应方）应就本合同项下全部款项向甲方开具合法有效的材料销售发票，发票内容应与实际采购的材料一致”。
   • 避免使用模糊表述，如“包工包料但发票按甲方要求开具”，此类表述可能引发税务争议或被认定为虚开发票。

2. 约定开票主体与材料明细

   • 若乙方为施工方，需明确其是否具备材料销售资质或能否通过第三方开具材料发票。若通过第三方开票，需在合同中约定第三方开票的合法性及责任承担（如第三方违约时乙方应承担连带责任）。
   • 列明材料明细清单，包括材料名称、规格、数量、单价等，确保发票内容与合同约定及实际交付材料一致，避免税务机关认定为“票货不符”。

3. 设定开票时间与付款条件

   • 约定开票时间与付款进度挂钩，例如“乙方应在每期工程进度款支付前向甲方开具对应金额的材料发票，甲方在收到合格发票后X个工作日内支付款项”。
   • 避免约定“先付款后开票”或“开票与付款无关”，此类条款可能被税务机关认定为“未按规定取得发票”，影响甲方税前扣除。

4. 明确违约责任与税务风险承担

   • 约定若乙方未按约定开具材料发票，甲方有权暂扣相应款项直至发票合格，并要求乙方承担甲方因此产生的税费损失（如无法税前扣除的所得税、滞纳金等）。
   • 若因乙方原因导致发票被税务机关认定为虚开或不合规，乙方应承担全部法律责任（包括行政处罚、刑事责任）及甲方因此遭受的损失。

5. 税务合规性审查

   • 合同签订前，建议双方共同咨询税务机关或专业税务律师，确保合同条款符合《发票管理办法》《增值税暂行条例》等规定，避免被认定为“利用合同逃避纳税义务”。
   • 例如，若合同金额明显高于市场价且全部开具材料发票，可能被税务机关认定为“分解收入、少缴税款”，此时需调整合同价格或交易结构以符合商业实质。

6. 其他注意事项

   • 若甲方为一般纳税人且需抵扣进项税，应在合同中明确乙方开具的发票为增值税专用发票，并注明税率（如13%、9%等）。
   • 避免在合同中使用“包税条款”（如约定由乙方承担全部税费），此类条款可能因违反税收法定原则而被认定无效，建议明确各自承担的税费种类及金额。

提示：合同条款设计需结合具体交易背景及税务政策，建议签订前由律师审核合同文本，确保合法合规。若对条款设计或税务处理有疑问，可直接向我咨询。