核心结论：在包工包料的合同中，若乙方仅提供材料费发票而未提供劳务部分发票，可能存在税务及合同履行风险，需根据合同约定及实际情况采取相应措施。以下从合同约定、税务合规、法律风险及解决路径三个角度展开分析：

1. 合同约定优先：明确发票类型与义务

• 若合同明确约定乙方需分别提供材料费与劳务费发票：乙方仅提供材料费发票构成违约，甲方有权要求乙方补开劳务费发票或承担违约责任（如扣除款项、赔偿损失等）。此时需核查合同条款，确认乙方是否完全履行了发票开具义务。
• 若合同未明确约定发票类型：需结合行业惯例及交易目的判断。包工包料合同通常包含材料采购与施工劳务两部分，乙方应就全部价款开具合法发票（可能为一张综合发票或分项发票）。若乙方仅提供材料费发票，可能涉嫌偷逃税款或未完全履行合同义务。

2. 税务合规风险：防范虚开发票与偷税

• 乙方行为可能涉及税务违法：根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，乙方作为销售方或服务提供方，需就全部应税行为开具发票。若乙方将劳务部分隐匿不报，仅以材料费发票入账，可能被税务机关认定为“少列收入”或“虚开发票”（如为他人虚开、为自己虚开等），面临罚款、滞纳金甚至刑事责任。
• 甲方需警惕接受不合规发票的风险：若甲方接受乙方仅提供的材料费发票，可能导致自身成本无法全额税前扣除（如企业所得税前扣除需合法凭证），或被税务机关要求补缴税款。此外，若乙方被认定为虚开发票，甲方作为受票方可能被牵连调查。

3. 法律风险与解决路径

• 短期措施：沟通与补救
  
  1. 要求乙方补开发票：向乙方发出书面通知，明确要求其就劳务部分补开合法发票，并设定合理期限。
     
  2. 协商调整合同价款：若乙方因成本原因无法提供劳务发票，可协商调整合同价款（如扣除税费部分），但需确保调整后的价款仍符合市场公允价值。
     
• 长期保障：完善合同条款
  
  1. 在合同中明确发票类型及开具时间：例如约定“乙方应于每次付款前向甲方提供等额、合法、有效的增值税专用发票（分材料费与劳务费开具）”。
     
  2. 设置违约责任条款：如“若乙方未按约定提供发票，甲方有权暂缓支付款项直至发票补齐，且乙方需按未提供发票金额的X%支付违约金”。
     
• 争议解决：诉讼或仲裁
  若乙方拒绝补开发票或协商无果，甲方可依据合同约定向法院起诉或申请仲裁，要求乙方履行发票开具义务或赔偿损失。

提示：实践中，部分包工包料合同可能因乙方为个人或小规模纳税人而无法开具劳务费发票。此时可考虑由乙方委托第三方税务机构代开发票，或通过“劳务分包”方式将施工部分分包给有资质的主体，以降低税务风险。具体操作需结合合同实际及税务政策综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。