工程签证手续不规范且甲方没有确认认可，主要可能违反了工程合同中的相关约定以及工程签证管理的相关规定。以下从不同角度为你详细分析：
一、违反工程合同约定
签证流程约定：
- 工程合同中通常会明确规定工程签证的提出、审核、确认流程。如果施工方未按照合同约定的流程进行签证，比如未在规定时间内提出签证申请，或者未提供完整的签证资料，就可能构成违约。
- 甲方未确认认可签证，若是因为施工方未遵循合同约定的签证流程，那么甲方有权拒绝确认，此时施工方需承担因流程不规范导致的后果。
签证内容约定：
- 合同中还可能对签证的具体内容、范围、标准等作出约定。如果签证内容超出了合同约定的范围，或者不符合合同约定的标准，甲方同样有权拒绝确认。
二、违反工程签证管理规定
签证的真实性、必要性：
- 工程签证应当真实反映工程变更的实际情况，且变更应当是必要的。如果签证手续不规范，比如签证内容与实际施工情况不符，或者变更并非必要，那么甲方有权质疑签证的真实性和必要性，并拒绝确认。
签证的及时性：
- 工程签证应当及时办理，以确保工程进度的顺利进行。如果施工方因自身原因导致签证手续延误，影响了工程进度，甲方可能因此拒绝确认签证，并要求施工方承担相应的责任。
三、法律后果及建议
法律后果：
- 如果工程签证手续不规范且甲方没有确认认可，施工方可能面临无法获得相应工程款的风险。此外，如果因此导致工程进度延误或质量出现问题，施工方还可能承担违约责任或赔偿责任。
建议：
- 加强沟通协商：施工方应主动与甲方沟通，解释签证手续不规范的原因，并出示相关证据证明签证的真实性和必要性。同时，了解甲方不认可的具体原因，以便有针对性地解决问题。
- 完善签证手续：施工方应尽快完善签证手续，确保签证内容符合合同约定和工程实际情况。如果需要，可以请第三方机构进行鉴定或评估，以增加签证的可信度。
- 依据合同主张权益：如果签证手续已经完善且符合合同约定，但甲方仍然拒绝确认，施工方可以依据合同条款向甲方主张权益，要求甲方按约履行认可和支付义务。
- 考虑法律途径：如果协商无果，施工方可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。在此过程中，施工方需要充分准备证据材料，以证明自身主张。
特别提示：在处理此类问题时，请保持冷静和理性，避免情绪化行为影响问题解决。同时，务必妥善保留所有相关证据，以备不时之需。如果你在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。