工程签证单不合规，可能违反了《建设工程质量管理条例》的相关规定。具体来说：
违规签字：根据《建设工程质量管理条例》，若将不合格的建设工程、建筑材料、建筑构配件和设备按照合格签字，将责令改正，并处以50万元以上100万元以下的罚款，降低资质等级或者吊销资质证书；有违法所得的，予以没收；造成损失的，承担连带赔偿责任。因此，如果工程签证单中存在对不合格工程或材料的合格签字，即构成违规。
虚假签证：工程签证单应当真实反映工程实际情况，如果签证单内容与实际不符，或存在弄虚作假的情况，同样可能违反《建设工程质量管理条例》中关于工程质量管理的相关规定，需要承担相应的法律责任。
在处理此类问题时，建议首先详细审查工程签证单的具体内容，核对与实际施工情况的差异点，并查阅相关的合同条款和法律法规。如果发现签证单确实存在不合规的情况，应及时与相关方进行沟通协商，并按照合同约定的程序进行修正。若无法达成一致，可考虑引入第三方审计或鉴定机构进行评估，或通过法律途径解决争议。
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