结论：公司算加班费时只算底薪2080元，而不算技能津贴和职务津贴，这种做法通常是违法的。
法律背景与解释：
加班费的计算基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费应当以劳动者在正常工作时间内的工资收入为计算基础。这里的“工资收入”通常指的是劳动者因工作而获得的全部报酬，包括但不限于基本工资、技能津贴、职务津贴等。
技能津贴和职务津贴的性质：
- 技能津贴和职务津贴是劳动者因具备特定技能或担任特定职务而获得的额外报酬，它们属于劳动者工资收入的一部分。因此，在计算加班费时，这些津贴应当被纳入计算范围。
公司的违法性：
- 如果公司只以底薪2080元为计算基础来支付加班费，而忽略了技能津贴和职务津贴，那么这种做法就违反了相关法律法规的规定。因为这样做实际上降低了劳动者在加班时应得的报酬，损害了劳动者的合法权益。
法律建议：
与公司协商：
- 首先，你可以尝试与公司进行协商，明确指出加班费的计算应当包括所有工资收入，包括技能津贴和职务津贴。要求公司按照法律规定重新计算并支付加班费。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查，并要求公司改正违法行为，支付应得的加班费。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的要求，你还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司被认定存在违法行为，除了需要支付应得的加班费外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款等。同时，公司的声誉和形象也可能受到损害，影响其未来的招聘和业务发展。
举例说明：
- 假设你的月工资收入包括底薪2080元、技能津贴500元和职务津贴300元，那么你的月总工资收入应为2880元。如果公司只以2080元为计算基础来支付加班费，那么你就少得了基于技能津贴和职务津贴部分的加班费。按照法律规定，这部分加班费也应当被计算并支付给你。
总结与进一步思考：
- 加班费的计算应当遵循相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。如果公司存在违法行为，劳动者应当积极维护自己的权益，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来解决问题。同时，劳动者也应当了解自己的工资构成和加班费的计算方法，以便在必要时能够维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。