对于干部违规兼职领取报酬但已退还的情况，处理方式需结合具体情节、退还时间、是否造成不良影响等因素综合判断，通常包括纪律处分、组织处理或免于处分三种情形。以下分情况详细说明：

1. 若违规情节较轻，且主动退还报酬、未造成不良影响

• 处理原则：根据《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国公职人员政务处分法》等相关规定，若干部在组织调查前主动退还报酬，且违规兼职行为未利用职务便利、未损害公共利益或单位利益，通常可认定为“情节较轻”。
• 具体处理：可能给予批评教育、责令检查、诫勉谈话等组织处理，或免于党纪政务处分，但需在单位内部通报或记录在案，作为后续考核、晋升的参考。

2. 若违规情节较重，但已退还报酬

• 处理原则：若违规兼职行为涉及利用职务便利、谋取私利，或兼职单位与本职工作存在利益冲突，即使已退还报酬，仍可能构成违纪。
• 具体处理：根据情节轻重，可能给予警告、严重警告、记过、记大过等党纪政务处分。退还报酬是减轻处分的情节，但无法完全免除责任。例如，若兼职期间存在利益输送，即使退还报酬，仍可能被认定为“违反廉洁纪律”。

3. 若退还报酬系被动退还（如被调查后退还）

• 处理原则：若干部在组织调查期间或被举报后被迫退还报酬，退还行为可能被认定为“被动纠正”，无法作为减轻处分的依据。
• 具体处理：需结合违规兼职的具体情节（如是否谋取私利、是否造成损失）给予相应处分。若情节严重，可能面临撤职、开除等严厉处分。

4. 特殊情形：退还后仍需追责

• 处理原则：若违规兼职行为已造成公共利益损失（如兼职单位违规获得项目、损害市场竞争秩序），即使退还报酬，仍需追究干部的领导责任或直接责任。
• 具体处理：除党纪政务处分外，可能涉及行政处罚（如罚款、没收违法所得）或刑事责任（如涉嫌受贿、滥用职权等犯罪）。

补充说明：处理流程

1. 调查核实：由纪检监察机关或单位内部监督部门对违规兼职行为进行调查，收集证据（如兼职合同、报酬发放记录等）。
2. 认定情节：根据调查结果，结合退还时间、主观意图、后果等因素，认定违规情节轻重。
3. 处分决定：根据《中国共产党纪律处分条例》《公职人员政务处分法》等规定，作出相应处分决定。
4. 申诉与复核：干部对处分决定不服的，可按规定提出申诉或申请复核。

建议：若涉及具体案件，需结合当地政策、单位规定及案件细节进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细解答。