虚开发票超过5年没结案的，案件不会因超过5年而自动失效或免除处罚，但具体处理方式需结合案件阶段、追诉时效及司法实践综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若案件处于刑事追诉阶段：需判断是否超过追诉时效

根据《刑法》第八十七条，虚开发票罪（刑法第二百零五条之一）的法定最高刑为七年有期徒刑（情节特别严重时），追诉时效为10年。因此：

• 若案件未超过10年：司法机关仍可依法追诉，即使超过5年未结案，案件不会因时间推移而自动终止。此时需配合调查，积极举证或辩护，争取从轻、减轻处罚（如自首、立功、退赃等）。
• 若案件已超过10年：理论上已过追诉时效，司法机关应终止审理。但需注意：若案件在追诉期内已立案（如公安机关已受理），则不受追诉时效限制（《刑法》第八十八条），仍可继续追诉。

2. 若案件处于行政处罚阶段：行政处罚时效为2年，但特殊情形可延长

根据《行政处罚法》第三十六条，虚开发票的行政处罚时效为2年（自违法行为发生之日起计算）。但若违法行为有连续或继续状态（如长期虚开发票），时效从行为终了之日起计算。此外：

• 若案件未超过2年：税务机关仍可依法处罚（如罚款、没收违法所得等），需积极配合调查，争取从轻处理。
• 若案件已超过2年：原则上税务机关不得再给予行政处罚，但需注意：若案件在2年内已被税务机关发现并立案，或因当事人逃避调查等原因导致未及时处罚，可能不受时效限制（《行政处罚法》第三十六条第二款）。

3. 若案件已进入司法程序（如法院审理阶段）：需关注诉讼程序合法性

若案件已移送法院审理，即使超过5年未结案，法院仍会依法审理。此时需重点关注：

• 程序是否合法：如是否存在超期羁押、久拖不决等程序违法问题，可依法提出异议或申请排除非法证据。
• 证据是否充分：若证据因时间久远而灭失或不足，可主张“证据不足，应宣告无罪”（刑事案件）或“事实不清，应撤销处罚”（行政案件）。

4. 实务建议：主动配合调查，争取从宽处理

无论案件处于哪个阶段，建议：

• 及时咨询律师：由律师分析案件细节（如虚开发票金额、情节、是否自首等），制定辩护策略。
• 配合调查：如实说明情况，避免逃避或抗拒调查，否则可能加重处罚。
• 争取从宽情节：如主动退赃、补缴税款、认罪认罚等，可能获得从轻、减轻或免除处罚的机会。

总结：虚开发票超过5年未结案，需根据案件阶段（刑事/行政）、是否超过追诉时效或处罚时效、证据情况等综合判断。建议尽快委托律师介入，通过法律程序维护合法权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。