结论：合同中“甲方未按约定办理工商变更登记”的表述，通常指的是甲方未完成工商变更登记这一最终结果，而非仅指未提交变更手续。但具体含义需结合合同整体条款、双方交易习惯及目的等因素综合判断。

分析说明：

1. 从合同条款的字面意思来看：

   • “办理工商变更登记”这一表述，在常规理解下，指的是完成整个变更登记流程，包括提交变更手续、等待审批、领取新的营业执照等步骤，直至工商部门在登记簿上完成变更记录。
   • 若合同仅约定“提交变更手续”，则通常会明确表述为“甲方应在约定时间内向工商部门提交变更登记所需材料”。

2. 从合同目的和交易习惯来看：

   • 工商变更登记的目的是为了使公司的相关信息（如股东、法定代表人等）在工商部门得到更新，以对外公示公司的最新状态。
   • 如果仅提交变更手续而未完成整个变更登记流程，那么公司的相关信息在工商部门并未得到更新，合同的目的并未实现。
   • 因此，从合同目的和交易习惯出发，更倾向于理解为“办理工商变更登记”指的是完成整个变更登记流程。

3. 从法律后果来看：

   • 如果甲方仅提交了变更手续但未完成变更登记，而合同中约定的是“办理工商变更登记”，那么甲方可能构成违约，需要承担相应的违约责任。
   • 违约责任的具体形式（如赔偿损失、支付违约金等）需根据合同的具体约定来确定。

特殊情况说明：

• 如果合同中明确约定了“甲方应在约定时间内向工商部门提交变更登记所需材料，即视为完成工商变更登记义务”，那么在此情况下，提交变更手续即可视为完成了合同约定的义务。
• 但这种约定需要明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定或公序良俗。

建议：

• 在签订合同时，双方应明确约定“办理工商变更登记”的具体含义和标准，以避免后续产生纠纷。
• 如果合同中对此约定不明确或存在争议，双方可以协商补充约定或寻求专业法律意见以明确各自的权利和义务。

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