针对员工晨会迟到的问题，处理方式需要兼顾合法性、合理性和有效性，同时维护良好的工作氛围和团队纪律。以下是一些建议的处理步骤和原则：
一、明确规章制度
首先，公司应确保有明确的考勤管理制度，并且这些制度已经通过合法程序（如职代会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）制定并公布。制度中应明确规定迟到、早退等行为的定义、处理方式和相应的后果。
二、合法合规处理
避免罚款：根据我国《行政处罚法》和相关劳动法律法规，一般用人单位不具有罚款权。因此，公司不应直接对迟到的员工进行罚款，而是应采取其他管理措施。
扣分或绩效影响：可以借鉴曲阜一中的做法，将迟到行为纳入考勤量化考核，每次迟到扣减一定的分数或影响绩效评估。这种方式既合法又有效，能够激励员工遵守纪律。
口头警告或书面警告：对于初次或偶尔迟到的员工，可以给予口头警告；对于多次迟到或情节严重的员工，可以发出书面警告，并记录在案。
三、具体处理步骤
记录迟到情况：每次晨会时，应有专人负责记录员工的出勤情况，包括迟到、早退等。
及时沟通：发现员工迟到后，应及时与员工进行沟通，了解迟到的原因。如果是特殊情况（如突发疾病、家庭紧急事务等），应给予理解和适当的宽容。
执行处理措施：根据公司的考勤管理制度和迟到情况，执行相应的处理措施，如扣分、绩效影响、口头或书面警告等。
跟进改进：对于多次迟到或情节严重的员工，除了执行处理措施外，还应跟进其改进情况，提供必要的帮助和支持，鼓励其改正错误。
四、促进团队和谐
加强团队建设：通过团队活动、培训等方式增强团队凝聚力和归属感，减少因个人原因导致的迟到现象。
建立良好沟通机制：鼓励员工之间、员工与领导之间建立良好的沟通机制，及时解决工作和生活中的问题，减少因外部因素导致的迟到。
树立榜样：表彰和奖励遵守纪律、表现优秀的员工，树立榜样作用，激励其他员工向他们学习。
五、注意事项
公平公正：在处理迟到问题时，应确保公平公正，不偏袒任何一方。
尊重员工：在沟通和处理过程中，应尊重员工的感受和权益，避免使用过于严厉或侮辱性的语言。
持续改进：根据实际情况和员工反馈，不断优化和完善考勤管理制度和处理方式。
综上所述，处理员工晨会迟到问题需要综合考虑合法性、合理性和有效性等多个方面。通过明确规章制度、合法合规处理、具体处理步骤、促进团队和谐以及注意事项等方面的努力，可以有效地解决迟到问题并维护良好的工作氛围和团队纪律。