将三方协议改为双方协议，并不直接构成违法，但具体是否合法需根据修改的内容、目的以及各方的意愿和权益来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议修改的合法性基础：

   • 协议，无论是三方还是双方，其本质都是合同。合同的修改，即变更，需要满足一定的法律条件。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同变更应当遵循当事人意思自治原则，即各方当事人协商一致，且变更的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
   • 因此，如果三方协议中的各方都同意将协议修改为双方协议，并且修改后的内容符合上述法律条件，那么这种修改是合法的。

2. 修改可能涉及的违法情形：

   • 未经同意修改：如果仅有一方或两方同意修改协议，而第三方不同意，且修改内容直接涉及第三方的权益，那么这种修改可能因侵犯第三方权益而违法。
   • 违反强制性规定：即使各方都同意修改协议，但如果修改后的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法交易、损害国家利益或社会公共利益等，那么这种修改也是违法的。
   • 欺诈或胁迫：如果在修改协议的过程中，存在欺诈、胁迫等不正当手段，导致一方或多方在违背真实意愿的情况下同意修改，那么这种修改同样可能因违法而无效。

3. 修改后的法律后果：

   • 有效修改：如果修改合法且有效，那么修改后的双方协议将取代原有的三方协议，对各方产生法律约束力。
   • 无效修改：如果修改违法或无效，那么原有的三方协议可能仍然有效，或者根据具体情况，可能涉及合同解除、赔偿等法律后果。

4. 实际操作建议：

   • 协商一致：在修改协议前，务必确保各方都同意修改，并就修改内容达成一致意见。
   • 法律审查：修改协议时，建议咨询专业律师，对修改内容进行法律审查，确保修改合法且有效。
   • 书面记录：修改协议应当采用书面形式，并由各方签字或盖章确认，以作为日后可能出现的法律纠纷的证据。

总结来说，将三方协议改为双方协议并不直接违法，但需要满足一定的法律条件。在实际操作中，建议各方协商一致，并咨询专业律师进行法律审查，以确保修改合法且有效。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。