商家发货代收运费在大多数情况下是合法的，但具体是否合法需结合合同约定及实际情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同约定角度

1. 有明确约定时：

   • 如果货物买卖合同中明确约定了运费由买方承担，且商家在发货时代为收取运费，这种行为是合法的。因为合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，双方就应当按照合同约定履行各自的义务。
   • 例子：假设你与商家签订了一份货物买卖合同，合同中明确写明“运费由买方承担，商家发货时代为收取”，那么商家在发货时向你收取运费就是合法的。

2. 无明确约定时：

   • 如果合同中没有明确约定运费的承担方，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，履行费用的负担不明确的，由履行义务一方负担。在货物买卖合同中，通常卖方有交付货物的义务，如果合同未约定运费承担，则一般由卖方承担运费。此时，商家发货时代收运费就可能缺乏合法依据。
   • 例外情况：然而，如果在实际交易中，双方通过口头或其他方式达成了运费由买方承担的共识，且这种共识不违反法律、行政法规的强制性规定，那么商家代收运费也是可以被接受的。但为了避免纠纷，建议双方还是将运费承担等关键条款明确写入合同中。

二、实际情况角度

1. 商家是否提前告知：

   • 即使合同中没有明确约定运费承担，如果商家在发货前明确告知了买方运费金额及代收方式，且买方表示同意，那么商家代收运费也是合法的。因为买方在知情的情况下同意了商家的代收行为，这构成了双方之间的新约定。

2. 运费是否合理：

   • 商家代收的运费应当合理，不得存在乱收费、高收费等违法行为。如果商家代收的运费明显高于市场正常水平，且无法提供合理的解释和依据，那么这种行为就可能涉嫌违法，买方有权拒绝支付或向相关部门投诉。

三、法律建议

1. 签订合同时明确运费承担：

   • 为了避免纠纷和不必要的麻烦，建议在签订货物买卖合同时就明确约定运费的承担方和金额。这样既可以保障双方的合法权益，又可以减少因运费问题产生的争议。

2. 保留相关证据：

   • 如果商家在发货时代收了运费，建议买方保留好相关证据，如合同、发票、聊天记录等。以便在发生纠纷时能够证明自己的权益和商家的行为。

3. 及时沟通协商：

   • 如果买方对商家代收的运费有异议或疑问，建议及时与商家进行沟通协商。通过友好协商的方式解决问题，既可以维护双方的合作关系，又可以避免不必要的法律纠纷。

总之，商家发货代收运费是否合法需结合合同约定及实际情况来判断。如果你在货物买卖过程中遇到了相关问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。