物流公司代收付货主和客户的货款，在符合一定条件的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性基础
合同约定：如果货主、客户与物流公司之间在合同中明确约定了物流公司可以代收付货款，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么物流公司的代收付行为就是合法的。这种约定实际上是一种委托合同关系，物流公司作为受托人，按照委托人的指示处理事务。
行业惯例：在某些物流行业中，代收付货款可能是一种常见的做法。如果这种做法在行业内被广泛接受，并且没有引发法律纠纷或监管问题，那么也可以认为这种行为在行业内是合法的。但需要注意的是，行业惯例不能违反法律法规的强制性规定。
潜在风险与合规建议
资金安全风险：物流公司代收付货款涉及大量资金流动，如果物流公司管理不善或存在恶意行为，可能导致货主或客户的资金损失。因此，建议货主和客户在选择物流公司时，要考察其信誉和资金管理能力，并在合同中明确约定资金的安全保障措施。
法律合规风险：物流公司在代收付货款过程中，必须遵守相关法律法规，如反洗钱法、税收法规等。如果物流公司未按照规定进行资金监管或报税，可能面临法律处罚。因此，物流公司应建立健全的合规管理制度，确保代收付货款行为的合法性。
合同条款明确性：为了避免纠纷，货主、客户与物流公司之间的合同应明确约定代收付货款的具体条款，包括代收付的范围、方式、时间、费用等。合同条款应尽可能详细、明确，以便在发生纠纷时能够有据可查。
特殊情况下的合法性
取得支付业务许可：如果物流公司想要更广泛地从事代收付货款业务，可能需要取得支付业务许可。根据相关法律法规，非金融机构提供支付服务需要获得中国人民银行的许可。如果物流公司取得了支付业务许可，那么其代收付货款的行为将更加合法合规。
与第三方支付平台合作：物流公司也可以选择与第三方支付平台合作，通过第三方支付平台进行货款的代收付。这种方式可以借助第三方支付平台的技术和安全保障措施，降低资金安全风险。但需要注意的是，物流公司应选择信誉良好、合规经营的第三方支付平台进行合作。