公司跟员工签合作协议是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 合作协议与劳动合同的区分：

   • 合作协议：通常指的是双方基于平等、自愿原则，就特定项目或业务进行的合作约定，强调的是合作双方的共同投入、共享收益、共担风险。在合作协议中，双方一般不被视为传统的雇主与雇员关系。
   • 劳动合同：则是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同受《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的严格规范，用人单位需承担为员工缴纳社会保险、提供劳动保护等法定义务。

2. 合法性判断：

   • 若合作协议实质为劳动合同：即员工实际上接受公司的管理、指挥和监督，从事公司安排的有报酬的劳动，且该劳动是公司业务的组成部分，那么即使双方签订的是合作协议，也可能被认定为劳动合同。此时，若合作协议未包含劳动合同法规定的必备条款，或未遵循劳动合同法的相关规定（如未签订书面合同、未缴纳社会保险等），则可能面临法律风险，包括但不限于支付双倍工资、补缴社会保险等。
   • 若合作协议确为合作性质：即双方确实是在平等、自愿的基础上，就特定项目或业务进行合作，且员工不接受公司的日常管理、指挥和监督，不享受公司的福利待遇，那么签订合作协议是合法的。但在此情况下，双方应明确各自的权利和义务，包括但不限于合作内容、收益分配、风险承担等，以避免后续纠纷。

3. 法律建议：

   • 对于公司：在签订合作协议前，应仔细审查协议内容，确保其不违反劳动合同法的相关规定。若员工实际上从事的是公司业务的一部分，且接受公司的管理，那么应签订劳动合同而非合作协议。
   • 对于员工：在签订合作协议前，应仔细阅读协议条款，了解自己的权利和义务。若发现自己实际上是在为公司工作，且接受公司的管理，那么应要求公司签订劳动合同，以保障自己的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 若合作协议被认定为劳动合同：且未遵循劳动合同法的相关规定，公司可能面临支付双倍工资、补缴社会保险、支付经济补偿等法律责任。
   • 若合作协议确为合作性质：但双方未明确各自的权利和义务，导致后续纠纷，那么双方可能需要根据合作协议的约定以及相关法律法规的规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。

总结来说，公司跟员工签合作协议是否合法，取决于协议的实际性质以及是否遵循了相关法律法规的规定。在签订合作协议前，双方应仔细审查协议内容，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。