结论：员工离职后，公司能否反仲裁取决于具体情况。如果公司认为员工在离职过程中存在违法行为或违反了劳动合同、公司规章制度等，且该争议属于劳动仲裁的受理范围，那么公司是有权申请劳动仲裁的。

分析说明：

1. 公司可以申请仲裁的情形：

   • 员工违法离职：如果员工未按照法定程序或劳动合同约定离职，如未提前通知公司、未办理离职手续等，给公司造成损失的，公司可以申请劳动仲裁要求员工赔偿。
   • 员工违反保密义务或竞业限制：若员工在离职后违反了与公司签订的保密协议或竞业限制协议，公司同样可以申请劳动仲裁来维护自身权益。
   • 其他争议：如员工在离职时与公司就工资结算、奖金发放、经济补偿等存在争议，且这些争议符合劳动仲裁的受理范围，公司也可以申请劳动仲裁。

2. 公司申请仲裁的时效：

   • 与员工申请劳动仲裁的时效相同，公司申请劳动仲裁也需遵守一定的时效规定。通常，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从公司知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬等发生的争议，公司申请仲裁的时效可能不受此限制，但劳动关系终止后，公司应在劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。

3. 公司申请仲裁所需证据：

   • 为了支持自己的主张，公司在申请劳动仲裁时需要提供相关证据。这些证据可能包括劳动合同、员工离职申请、公司规章制度、保密协议或竞业限制协议、员工违法离职的证据（如未提前通知的邮件、短信等）、公司损失的计算依据等。证据的充分性和有效性对于仲裁结果具有重要影响。

4. 公司申请仲裁的流程：

   • 提交仲裁申请：公司需要向劳动合同履行地或者公司所在地的劳动争议仲裁委员会递交仲裁申请书，并按照员工人数提交副本。仲裁申请书应详细载明公司和员工的基本信息、仲裁请求、事实和理由、证据及来源等。
   • 受理审查：仲裁委员会在收到仲裁申请后五日内进行审查。如果认为符合受理条件，将受理并通知公司；如果不符合受理条件，将书面通知公司不予受理，并说明理由。
   • 开庭审理：仲裁庭会在开庭前五日书面通知双方当事人开庭日期和地点。公司需按时参加庭审，并陈述自己的主张和提供证据。
   • 裁决：仲裁庭在查明事实的基础上作出裁决。一般情况下，仲裁庭应在受理仲裁申请之日起四十五日内结束案件审理。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可以延期但延长期限不得超过十五日。

行动建议：

• 公司角度：如果公司认为员工在离职过程中存在违法行为或违反了劳动合同、公司规章制度等，且该争议属于劳动仲裁的受理范围，建议公司及时收集证据并申请劳动仲裁以维护自身权益。
• 员工角度：作为员工，在离职时应遵守法定程序和劳动合同约定，避免给公司造成损失。同时，如果公司申请劳动仲裁，员工也应积极应对，提供相关证据来维护自己的合法权益。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会负责处理本区域内发生的劳动争议。公司或员工只要认为对方的行为违反了法律法规或劳动合同约定，且该争议属于劳动仲裁的受理范围，都可以申请劳动仲裁。