可以立案调查。农药经营户不做农药经营台账且在电话通知后仍不整改的行为，违反了相关法律法规，农业主管部门有权对其进行立案调查。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《农药管理条例》第二十六条的规定，农药经营者应当建立农药采购台账和销售台账，如实记录农药的名称、规格、数量、生产企业和供货人名称及其联系方式、进货日期等内容，并保存2年以上。同时，农药经营者还应当向购买人询问病虫害发生情况并科学推荐农药，必要时应当实地查看病虫害发生情况，并正确说明农药的使用范围、使用方法和剂量、使用技术要求和注意事项，不得误导购买人。
   • 若农药经营者未按照规定建立农药经营台账，或者未向购买人科学推荐农药、未正确说明农药的使用范围、使用方法和剂量等，将面临相应的法律责任。

2. 行政处罚措施：

   • 根据《农药管理条例》第五十八条的规定，农药经营者有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府农业主管部门责令改正；拒不改正或者情节严重的，处2000元以上2万元以下罚款，并由发证机关吊销农药经营许可证：
     • 不执行农药采购台账、销售台账制度；
     • 在卫生用农药以外的农药经营场所内经营食品、食用农产品、饲料等；
     • 未将卫生用农药与其他商品分柜销售；
     • 不履行农药废弃物回收义务。

3. 立案调查的合理性：

   • 农业主管部门在发现农药经营户存在未建立农药经营台账且在电话通知后仍不整改的行为时，有权依法对其进行立案调查。这是农业主管部门履行监管职责、维护农药市场秩序、保障农业生产安全的重要举措。
   • 在立案调查过程中，农业主管部门将收集相关证据，查明事实真相，并根据调查结果依法作出相应的行政处罚决定。