结论：一般情况下，交通事故责任认定不同意两年后不起诉，通常难以再翻案。但具体还需结合实际情况判断，以下为你详细分析。

法律规定层面

根据《道路交通事故处理程序规定》以及相关诉讼时效的规定，当事人对道路交通事故认定有异议的，可以自道路交通事故认定书送达之日起三日内，向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。这是法律赋予当事人对事故认定不服时的一种救济途径，且有时间限制。而如果错过了这个复核期限，从诉讼程序角度来说，在民事诉讼中，身体受到伤害要求赔偿的诉讼时效期间为三年，但这里强调的是因事故造成损害而主张赔偿的时效，并非是对事故责任认定本身提出异议的时效。并且，在司法实践中，事故责任认定书作为证据的一种，在诉讼中如果当事人没有在合理期限内提出有效反驳证据或理由，经过一定时间后，再想推翻该认定会面临很大困难。

实际操作层面

1. 证据收集难度大：随着时间的推移，事故现场可能已经发生很大变化，原本可能存在的关键证据，如现场痕迹、监控视频等，可能已经灭失或者难以获取。例如，事故发生两年后，原本路口的监控视频可能已经被覆盖删除，现场的刹车痕迹也可能因为道路修缮等原因不复存在。没有这些关键证据，很难证明原事故责任认定存在错误。
2. 证人记忆模糊：事故发生时的证人，经过两年时间，其记忆可能会变得模糊不清。他们可能无法准确回忆起事故发生时的具体细节，比如车辆的速度、行驶方向、碰撞部位等关键信息。这会导致证人证言的证明力大大降低，难以对原事故责任认定形成有力挑战。
3. 司法实践倾向：司法机关在处理交通事故案件时，为了维护法律秩序的稳定性和确定性，通常会倾向于尊重已经作出的事故责任认定。除非有非常充分、确凿的证据证明原认定存在重大错误，否则一般不会轻易推翻。

例外情况

虽然一般情况下两年后不起诉难以翻案，但也并非绝对。如果当事人能够收集到新的、具有足够证明力的证据，证明原事故责任认定确实存在错误，例如发现了新的监控视频能够清晰显示事故发生的全过程，且与原认定不符；或者找到了关键证人，其证言能够推翻原认定中的关键事实等。在这种情况下，当事人仍然可以尝试通过法律途径来维护自己的权益，但这个过程会非常艰难，需要承担较高的举证责任和诉讼风险。

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