虚开发票偷税5万元以下一般不属于重大税务违法案件，但需结合具体情节和地方标准综合判断。以下从法律定义、实务认定和风险提示三个角度展开分析：

一、法律层面的“重大税务违法”认定标准

根据《重大税收违法失信主体信息公布管理办法》（国家税务总局令第54号），虚开发票类案件被列为“重大”需满足以下条件之一：

1. 虚开发票金额：虚开普通发票100份以上或金额40万元以上；虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，虚开税款数额10万元以上。
2. 情节严重性：虽未达金额标准，但5年内因虚开发票受过刑事处罚或被税务机关给予2次以上行政处罚的。

结论：若虚开发票偷税金额在5万元以下，且无其他严重情节（如多次违法、造成国家税款重大损失等），通常不构成“重大税务违法案件”。

二、实务中的税务处理差异

1. 行政处罚为主：
   根据《税收征收管理法》第63条，偷税行为可处偷税金额50%至5倍罚款。5万元以下偷税可能面临：

   • 补缴税款及滞纳金；
   • 0.5倍至5倍罚款（如偷税5万元，罚款范围为2.5万至25万元）；
   • 若首次违法且情节轻微，可能适用“首违不罚”或从轻处罚。

2. 刑事风险排除：
   根据《刑法》第205条，虚开发票罪的立案标准为：

   • 虚开税款数额1万元以上；
   • 或致使国家税款被骗取5000元以上。
     但：若虚开发票金额5万元以下且未造成税款损失，实践中一般不追究刑事责任，以行政处罚为主。

三、需警惕的“情节加重”风险

即使金额未达“重大”标准，以下情形可能升级处理：

1. 团伙作案或跨区域虚开：涉及多人、多企业协同虚开，可能被认定为“重大”。
2. 造成国家税款损失：如虚开发票后实际抵扣税款，即使金额未达标准，也可能因“危害后果严重”被升级处理。
3. 拒不配合调查：隐瞒收入、伪造账簿等行为可能触发更严厉处罚。

四、建议与风险提示

1. 立即整改：若已发生虚开发票行为，应尽快补缴税款、缴纳滞纳金和罚款，避免情节恶化。
2. 保留证据：保存合同、付款记录等证明交易真实性的材料，以备税务机关核查。
3. 咨询专业律师：若涉及复杂交易结构或已收到税务机关《税务检查通知书》，建议委托律师介入，制定合规方案。

总结：5万元以下虚开发票偷税通常不属“重大税务违法”，但需结合具体情节判断。税务合规无小事，建议企业定期自查发票管理流程，避免因小失大。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例。