在劳动纠纷仲裁中，如果公司不到庭，仲裁庭将依法进行缺席裁决，员工的合法权益仍能得到有效保护。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁庭的处理方式
缺席裁决的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第三十六条的规定，被申请人（即公司）收到书面开庭通知后，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，仲裁庭可以继续开庭审理，并缺席裁决。这意味着，即使公司不参与仲裁庭审，仲裁程序仍会继续进行，不会因此中止或取消。
公告送达与缺席裁决：
- 若仲裁庭无法联系到公司或公司拒收相关文书，仲裁庭可通过公告方式送达开庭通知等法律文书。公告期满后，如公司仍未出席，仲裁庭将依法作出缺席裁决。这一规定确保了仲裁程序的顺利进行，即便在面对公司不配合的情况下。
二、缺席裁决的法律后果
视为放弃答辩和质证权利：
- 公司不到庭，将视为放弃在仲裁庭上答辩、对证据质证以及陈述自身观点和主张的权利。仲裁庭将基于员工提供的证据和陈述进行审理，若员工提供了充分且合理的证据支持其主张，如工资单、考勤记录等，而公司未出庭质证，仲裁庭很可能支持员工的诉求，从而作出对公司不利的裁决。
承担强制执行的法律后果：
- 劳动仲裁裁决生效后，若公司不履行裁决确定的义务，员工有权向有管辖权的人民法院申请强制执行。法院可采取查封、扣押、冻结公司财产等一系列强制措施，以确保员工的合法权益得到实现。
三、特殊情况下的处理
延期开庭的申请：
- 如果公司有正当理由无法出席仲裁庭，如法定代表人或委托代理人突发重病、遭遇不可抗力等，可以在开庭前向仲裁委员会书面申请延期开庭。是否准许延期，由仲裁委员会根据具体情况决定。
提交书面答辩和证据：
- 即使公司无法出庭，也应在规定的期限内提交书面的答辩意见和相关证据材料。这些书面材料将被仲裁庭考虑，并结合案件其他情况作出裁决。这有助于公司在不出庭的情况下，仍能在一定程度上维护自己的权益。
四、对员工的建议
积极参与仲裁程序：
- 员工应积极参与仲裁程序，准备充分的证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录、工作证等，以支持自己的主张。只有提供了充分、有效的证据，才能增加获得有利裁决的可能性。
了解法律程序和规定：
- 员工应了解相关的法律程序和规定，如仲裁庭的组成、开庭程序、裁决的生效和执行等。这有助于员工更好地维护自己的合法权益，避免因不了解法律程序而错过重要的维权时机。
及时申请强制执行：
- 如公司不履行生效的仲裁裁决，员工应及时向法院申请强制执行。申请执行的期间为二年，自法律文书规定的履行期间的最后一日起计算。员工应密切关注公司的履行情况，一旦发现公司未履行裁决，应立即向法院申请强制执行。
总结来说，即使公司在劳动仲裁中不到庭，员工的权益仍能得到有效保护。因此，建议员工积极准备证据，参与仲裁程序，并在必要时向法院申请强制执行以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。