结论概述：原告在行政案件申请撤诉后，若涉及被告补偿问题，原告应注意以下几点：一是明确撤诉的法律后果；二是与被告就补偿事宜进行协商并达成书面协议；三是确保补偿协议内容合法、明确；四是保留好相关证据；五是关注撤诉后的诉讼时效问题。

1. 明确撤诉的法律后果

原告在行政案件中申请撤诉，意味着放弃了通过诉讼途径解决争议的权利。撤诉后，案件将终结，法院不再对案件进行审理和判决。因此，原告在申请撤诉前，应充分了解撤诉的法律后果，确保撤诉是出于自身真实意愿，并考虑撤诉后可能面临的法律风险和后果。

2. 与被告就补偿事宜进行协商并达成书面协议

若原告在撤诉后希望获得被告的补偿，应与被告就补偿事宜进行协商，并尽量达成书面协议。书面协议应明确补偿的金额、方式、时间等关键条款，以避免后续产生争议。在协商过程中，原告可以寻求专业律师的协助，以确保协议内容的合法性和有效性。

3. 确保补偿协议内容合法、明确

补偿协议的内容应合法、明确，不得违反法律法规的强制性规定。例如，补偿金额应合理，不得过高或过低；补偿方式应可行，如一次性支付或分期支付等；补偿时间应明确，避免模糊不清导致后续执行困难。此外，协议中还应明确双方的权利和义务，以及违约责任等条款，以保障原告的合法权益。

4. 保留好相关证据

在协商和签订补偿协议的过程中，原告应保留好相关证据，如协商记录、书面协议、支付凭证等。这些证据在后续可能发生的争议中具有重要的证明作用，有助于原告维护自身权益。

5. 关注撤诉后的诉讼时效问题

虽然原告已经撤诉，但若后续因补偿问题产生新的争议，原告仍需关注诉讼时效问题。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，原告在发现自身权益受到侵害时，应及时采取法律措施维护自身权益，避免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。

特殊情况下的建议：

• 若原告在撤诉后发现被告存在欺诈、胁迫等行为导致补偿协议显失公平或无效，原告可以依法向法院提起诉讼，请求撤销或变更补偿协议。
• 若原告在撤诉后因补偿问题与被告产生争议且无法协商解决，原告可以寻求专业律师的协助，通过法律途径维护自身权益。例如，可以向法院提起民事诉讼或申请仲裁等。

总之，原告在行政案件申请撤诉后若涉及被告补偿问题，应谨慎处理并寻求专业律师的协助以确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。