结论：在商事仲裁中，若最初提出的仲裁请求是依据合同有效提出的，但审查过程中认定合同无效，仲裁庭仍然可以对仲裁事项进行审理并作出裁决，包括确认合同无效。这主要基于仲裁庭对合同纠纷的管辖权及对合同效力进行审查的权力。
一、法律依据与前提条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第二条，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。合同的效力问题作为合同纠纷的一部分，自然包含在内。
- 同时，仲裁庭有权确认合同的效力，这是《中华人民共和国仲裁法》第十九条明确规定的。
前提条件：
- 存在有效的仲裁协议：这是仲裁庭受理案件的基础。当事人需在合同中预先约定仲裁条款，或在纠纷发生后达成仲裁协议，明确将合同争议提交给特定仲裁机构。
- 属于仲裁机构受理范围：仲裁机构会依据法律法规和自身规则确定是否受理确认合同无效的申请。通常，只要是平等主体间的合同纠纷且不涉及不能仲裁的事项（如婚姻、收养等），仲裁机构均可受理。
二、仲裁确认合同无效的具体流程
申请与受理：
- 一方当事人根据仲裁协议向约定的仲裁机构提出确认合同无效的申请，并提交相关证据。
- 仲裁机构对申请进行审查，符合受理条件的予以受理并通知双方当事人。
组成仲裁庭：
- 仲裁机构根据案件情况组成仲裁庭，通常由三名仲裁员组成，双方可各自选定或委托仲裁机构指定仲裁员。
审理与裁决：
- 仲裁庭审理案件，听取双方陈述、辩论，审查证据。
- 若当事人提出合同无效主张，且该主张符合法律规定的合同无效情形（如违反法律强制性规定、欺诈、胁迫等），仲裁庭有权作出合同无效的裁决。
- 裁决书中会明确说明合同无效的理由和法律依据。
三、注意事项与法律后果
仲裁协议的独立性：
- 仲裁协议作为解决争议的基础，其效力独立于主合同。即使主合同被确认为无效，只要仲裁协议合法有效，当事人仍可通过仲裁方式解决因合同无效而产生的争议。
合同无效的法律后果：
- 合同一旦被确认为无效，该合同自始没有法律约束力。双方当事人应根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，处理因合同无效而产生的财产返还、损失赔偿等问题。
- 仲裁机构在确认合同无效后，也会根据这些规定作出相应的裁决，明确双方的权利义务关系。
充分准备与积极参与：
- 在参与仲裁时，建议当事人充分准备相关证据和法律依据，以支持自己的主张。
- 同时，积极参与仲裁过程，遵守仲裁机构的程序规则，确保仲裁的公正性和合法性。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款。后因合同履行问题产生争议，甲方向仲裁机构提出仲裁申请，主张乙方违约并要求赔偿损失。在仲裁过程中，乙方提出合同无效的抗辩，认为合同存在欺诈情形。仲裁庭在审理后认为乙方的抗辩成立，确认合同无效，并根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，裁决双方返还财产、赔偿损失等。
总结与建议：在商事仲裁中，即使最初提出的仲裁请求是依据合同有效提出的，但审查过程中认定合同无效，仲裁庭仍然可以对仲裁事项进行审理并作出裁决。因此，当事人在参与仲裁时，应充分了解相关法律知识，确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。