当员工辞职时，如果年休假没有休完，您可以根据《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定来处理。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，我们要明确的是，职工连续工作1年以上的，是享受带薪年休假的。年休假的天数根据职工累计工作的年限来确定：已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。需要注意的是，国家法定休假日、休息日是不计入年休假的假期的。

当您与职工解除或者终止劳动合同时，如果当年度未安排职工休满应休年休假天数，那么用人单位需要按照职工当年已工作时间来折算应休未休的年休假天数，并支付相应的未休年休假工资报酬。具体的折算方法是：(当年度在本单位已过日历天数÷365天)×职工本人全年应当享受的年休假天数-当年度已安排年休假天数。如果折算后不足1整天的部分，则不需要支付未休年休假工资报酬。

举个例子来说，如果一位职工在您单位工作了5年，应享受5天的年休假。但在离职时，他只休了2天，那么您就需要按照上述的折算方法，计算出他应休未休的年休假天数，并支付相应的工资报酬。

另外，如果用人单位当年已经安排了职工年休假，且多于折算应休年休假的天数，那么这部分多出的天数是不需要扣回的。

至于年休假能否跨年休的问题，一般来说，年休假是在1个年度内集中安排或者分段安排的，一般不跨年度安排。但如果单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，那么可以跨1个年度安排。不过，如果单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，且经职工本人同意，那么可以不安排职工休年休假，但对职工应休未休的年休假天数，单位需要按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。

最后，关于年休假期间的工资发放问题，单位应当保证职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。

希望这个解答能够帮助您更好地处理员工辞职时年休假未休完的问题。如果您还有其他疑问或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。