结论：居民楼改商铺已二十多年是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断，包括是否经过相关部门审批、是否符合规划要求、是否影响相邻权人利益等多个方面。

详细分析：

1. 审批与规划角度：

   • 根据相关法律法规，将居民楼改为商铺通常需要经过城市规划、建设、消防等多个部门的审批。如果该改造行为在二十多年前已经获得了相关部门的合法审批，并且符合当时的城市规划要求，那么该改造行为在法律上可能是合法的。
   • 然而，如果改造行为未经审批或审批不合法，或者虽然当时合法但后续城市规划发生了变化，导致该改造行为不再符合新的规划要求，那么该改造行为可能面临法律上的挑战。

2. 相邻权角度：

   • 居民楼改为商铺还可能涉及相邻权问题。如果改造行为对相邻权人的利益造成了影响，如噪音、污染、交通拥堵等，那么相邻权人有权要求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。
   • 在这种情况下，即使改造行为在二十多年前已经完成，但如果相邻权人能够证明其利益受到了持续侵害，那么该改造行为仍然可能面临法律上的责任。

3. 历史遗留问题处理：

   • 对于历史遗留的居民楼改商铺问题，政府通常会根据具体情况制定相应的处理政策。有些地区可能允许在符合一定条件下继续经营，而有些地区则可能要求限期整改或恢复原状。
   • 因此，在判断该改造行为是否合法时，还需要考虑当地政府对于历史遗留问题的处理政策。

法律建议：

• 如果您是该商铺的业主或经营者，建议您首先查阅相关的审批文件和规划要求，确认改造行为是否合法。
• 如果改造行为存在合法性问题或可能对相邻权人造成影响，建议您及时咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。
• 如果您是相邻权人且认为改造行为对您的利益造成了侵害，您也可以咨询专业律师，了解如何维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果改造行为被认定为非法，业主或经营者可能面临罚款、限期整改、恢复原状等法律责任。
• 如果相邻权人提起诉讼并胜诉，业主或经营者还可能需要承担赔偿损失等民事责任。

总之，居民楼改商铺已二十多年是否合法，需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。