结论：您作为一楼底商，在二楼厨房位置正下方修建卫生间并装马桶的行为，很可能不合法，具体需结合房屋结构、设计用途、相关法律法规及物业规定等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、从房屋结构与设计用途角度
房屋结构安全：
- 修建卫生间并安装马桶，通常涉及对楼板的承重、防水等性能的改变。若原楼板设计并未考虑此类改造，可能存在安全隐患，如楼板开裂、渗漏等，影响房屋整体结构安全。
- 建议：在进行改造前，应委托专业机构对楼板进行结构安全评估，确保改造不会对房屋结构造成损害。
设计用途变更：
- 房屋的设计用途（如住宅、商业、办公等）通常在其规划、建设时已确定，并体现在相关规划文件、施工图纸及产权证书中。若二楼原设计用途为厨房，而您在一楼正下方修建卫生间，可能涉及设计用途的变更。
- 建议：查阅房屋的相关规划文件、施工图纸及产权证书，确认二楼的设计用途，并咨询当地规划部门或物业管理部门，了解是否允许此类变更。
二、从相关法律法规角度
《物业管理条例》：
- 根据《物业管理条例》的相关规定，业主或物业使用人应遵守法律、法规以及管理规约，不得擅自改变房屋结构或用途。若您的改造行为违反了管理规约或相关法律法规，物业有权要求您停止改造并恢复原状。
- 建议：查阅您所在小区的物业管理规约，了解其中关于房屋改造、用途变更等方面的规定。
《城乡规划法》：
- 若您的改造行为涉及房屋外部结构的改变或影响城市规划，可能还需遵守《城乡规划法》的相关规定。未经规划部门批准，擅自改变房屋结构或用途，可能面临行政处罚。
- 建议：在改造前，向当地规划部门咨询并申请相关许可，确保改造行为符合城市规划要求。
《建筑法》与《建设工程质量管理条例》：
- 修建卫生间并安装马桶，若涉及对房屋结构的改动或新增建筑构件，可能还需遵守《建筑法》与《建设工程质量管理条例》的相关规定。未经批准擅自施工，可能面临工程质量监督部门的处罚。
- 建议：在改造前，向当地建设主管部门咨询并申请相关施工许可，确保改造工程符合建筑安全与质量要求。
三、从物业规定与邻里关系角度
物业规定：
- 不同小区的物业管理规定可能有所不同，有些小区可能明确禁止业主或物业使用人擅自改变房屋结构或用途。若您的改造行为违反了物业规定，物业有权采取相应措施制止。
- 建议：在改造前，与物业管理部门沟通并了解其相关规定，确保改造行为符合物业要求。
邻里关系：
- 您的改造行为可能对二楼及周边邻居的生活造成影响，如噪音、异味等。若未征得邻居同意，可能引发邻里纠纷。
- 建议：在改造前，与二楼及周边邻居沟通并征得其同意，确保改造行为不会对邻居生活造成不良影响。
总结与建议：您作为一楼底商，在二楼厨房位置正下方修建卫生间并装马桶的行为，很可能涉及房屋结构安全、设计用途变更、相关法律法规遵守以及物业规定与邻里关系等多方面问题。建议您在改造前，务必咨询当地规划部门、建设主管部门及物业管理部门，了解相关规定并申请相关许可；同时，与二楼及周边邻居沟通并征得其同意，确保改造行为合法合规且不会对邻居生活造成不良影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。