纸质三方协议和网上三方协议原则上不能同时签，且同时签署可能存在法律风险，具体分析如下：

1. 协议效力冲突风险
   根据《民法典》第469条，书面形式包括纸质合同和电子合同，二者具有同等法律效力。但若同一交易主体就同一事项同时签署内容冲突的纸质和电子协议，可能因“阴阳合同”问题导致协议整体效力被否定。例如，若纸质协议约定违约金为10%，而电子协议约定为20%，法院可能认定双方存在恶意串通，从而判定两份协议均无效。

2. 履行义务重叠风险
   若两份协议在权利义务分配上存在差异（如付款时间、交付标准等），可能引发履行争议。例如，纸质协议约定分期付款，而电子协议要求一次性付清，此时任何一方主张按对自己有利的条款履行，都可能被对方以“未达成合意”为由抗辩，甚至需承担违约责任。

3. 证据效力认定风险
   在诉讼中，电子协议需通过可信时间戳、区块链存证等技术固定证据，而纸质协议需保留原件。若两份协议内容矛盾，法院可能要求当事人证明哪份协议为最终真实意思表示。若无法证明，可能因“举证不能”承担不利后果。

实务建议：

• 优先选择单一形式：根据交易便捷性、证据保存需求等因素，选择纸质或电子协议中的一种签署方式。
  
• 明确协议关系：若需同时使用两种形式，应在协议中注明“电子协议与纸质协议内容不一致的，以××版本为准”，避免歧义。
  
• 保留完整证据链：无论选择哪种形式，均需妥善保存协议原件或电子存证凭证，并确保签署流程符合《电子签名法》要求（如可靠电子签名）。
  

若您已同时签署两份协议且发现内容冲突，建议立即与对方协商补充协议明确效力，或咨询律师评估风险。