结论：对于适用治安调解的案件，经公安机关调解当事人达成协议的，公安机关不予处罚，这是基于法律规定、纠纷解决效率、社会和谐维护以及当事人权益保障等多方面因素的综合考量。以下为详细分析：

1. 法律规定层面
   • 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九条规定，对于因民间纠纷引起的打架斗殴或者损毁他人财物等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议的，不予处罚。这是法律明确赋予公安机关在特定治安案件中的调解权以及达成协议后不予处罚的法定处理方式，具有明确的法律依据和权威性。
2. 纠纷解决效率层面
   • 治安调解为当事人提供了一种相对快速、便捷的解决纠纷途径。相较于严格的治安处罚程序，调解过程更加灵活，能够在较短时间内促使双方达成共识。一旦当事人达成协议，意味着纠纷得到了实质性的解决，此时若再对当事人进行处罚，不仅会耗费更多的司法资源，还可能重新引发双方的矛盾和冲突，不利于纠纷的彻底化解。例如在一些邻里之间因琐事引发的轻微肢体冲突案件中，通过调解让双方认识到自身错误并达成赔偿等协议后，若再对双方进行处罚，可能会使原本缓和的关系再次紧张，不利于邻里和谐。
3. 社会和谐维护层面
   • 治安案件往往发生在社会基层，与人民群众的日常生活密切相关。通过调解解决纠纷并达成协议后不予处罚，有助于修复当事人之间的关系，减少社会矛盾和冲突，维护社会的和谐稳定。如果对达成协议的当事人仍然进行处罚，可能会让当事人觉得调解没有实际意义，甚至对法律和执法机关产生不满情绪，不利于社会秩序的长治久安。比如在一些家庭内部因财产分配等问题引发的治安案件，调解成功后不予处罚，能够促进家庭成员之间的和解，维护家庭的稳定，进而有利于整个社会的和谐。
4. 当事人权益保障层面
   • 调解是基于双方自愿的原则进行的，当事人在调解过程中能够充分表达自己的诉求和意愿。当双方达成协议时，说明该协议是双方都能接受的解决方案，在一定程度上保障了当事人的合法权益。此时不予处罚，是对当事人自主解决纠纷权利的尊重，也体现了法律的人性化和灵活性。例如在一些因误会引发的治安案件中，通过调解澄清误会并达成和解协议后，不予处罚能够避免对当事人造成不必要的负面影响，保障其正常的生活和工作。