结论前置：房屋在租赁期间，房东用租赁房屋办理营业执照的合法性主要取决于房屋的性质、用途以及是否满足相关法律法规的要求。以下从不同角度进行详细分析：
一、房屋性质与用途
住宅性质房屋：
- 一般情况下，住宅性质的房屋主要用于居住，而非商业活动。因此，若房东试图将住宅性质的房屋用于办理营业执照进行商业经营，可能会受到相关法律法规的限制。
- 例外情况：如果当地政策允许“住改商”，即住宅可以改为商业用途，并且房东已经按照相关规定办理了变更手续，获得了有利害关系业主的同意，那么在这种情况下，房东用租赁房屋办理营业执照可能是合法的。
商住性质或商业性质房屋：
- 对于商住性质或商业性质的房屋，由于其本身就具备商业用途，因此房东用这类房屋办理营业执照通常是合法的，但前提是租赁合同中没有明确禁止商用，并且符合当地工商行政管理部门的相关规定。
二、法律法规要求
《中华人民共和国民法典》第二百七十九条：
- 该条款规定，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。若需改变，除遵守前述规定外，还应经有利害关系的业主一致同意。
- 这意味着，如果房东想要将住宅性质的房屋用于商业经营并办理营业执照，必须获得有利害关系业主的同意，并遵守相关法律法规和管理规约。
地方工商行政管理部门的规定：
- 不同地区对于营业执照的办理可能有不同的具体要求。例如，某些地区可能对同一地址注册营业执照的数量有限制，或者对特定行业的经营有额外的规定。
- 因此，房东在办理营业执照前，应详细了解当地工商行政管理部门的具体规定，以确保合规。
三、实际操作建议
了解房屋性质与用途：
- 房东在办理营业执照前，应首先确认房屋的性质和用途，确保其符合商业经营的要求。
咨询当地工商行政管理部门：
- 房东可以前往当地工商行政管理部门咨询办理营业执照的具体要求和流程，以及是否需要获得有利害关系业主的同意等。
与租户沟通：
- 如果房屋已经出租，房东应与租户进行充分沟通，告知其办理营业执照的意图，并确保租户的权益不受影响。同时，也可以了解租户对于房屋用途变更的意见和态度。
准备相关材料：
- 根据当地工商行政管理部门的要求，房东需要准备相关的材料来办理营业执照，如租赁合同、产权证明、身份证等。
四、可能的法律后果
- 如果房东未经允许擅自将住宅性质的房屋用于商业经营并办理营业执照，可能会面临被要求恢复原状、赔偿损失以及行政处罚等法律后果。
- 因此，房东在办理营业执照前，应确保所有条件都符合相关法律法规的要求，以避免可能的法律风险。
总结：房屋在租赁期间，房东用租赁房屋办理营业执照的合法性取决于房屋的性质、用途以及是否满足相关法律法规的要求。房东在办理前应详细了解当地政策、咨询工商行政管理部门、与租户沟通并准备相关材料，以确保合规并避免法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。