结论：能否要回被占用20多年的桩基，需结合具体情况判断，主要涉及诉讼时效、物权归属、历史权属证明等关键因素。以下分情况详细说明：
1. 诉讼时效是否已过？
根据《民法典》第188条，向法院请求保护民事权利的诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。但若占用行为持续至今（如对方一直占用未归还），诉讼时效可能未起算或未届满。
- 若占用行为已结束20年（如对方20年前建房后未再扩大占用）：需证明你曾在诉讼时效内主张过权利（如协商、投诉、起诉等），否则可能因超过时效丧失胜诉权。
- 若占用行为持续至今（如对方仍在使用或扩建）：诉讼时效未起算，你仍有权主张返还。
2. 物权归属是否明确？
桩基属于不动产，其所有权需以合法权属证明为依据（如宅基地使用权证、集体土地建设用地使用证、建房审批文件等）。
- 若有权属证明：即使被占用20年，你仍可凭证明主张物权，要求对方返还并赔偿损失（如占用期间的收益损失）。
- 若无权属证明：需通过其他证据（如村委会证明、证人证言、历史建房记录等）证明你对桩基的合法权利，否则可能面临举证困难。
3. 对方占用是否合法？
需调查对方建房是否经过合法审批（如宅基地审批、建房许可等）：
- 若对方无合法手续：占用行为违法，你可通过行政投诉（如向自然资源部门举报）或民事诉讼要求返还。
- 若对方有合法手续：需进一步分析手续是否侵犯你的权益（如审批范围错误、未征求你同意等），若存在瑕疵，可申请撤销手续或主张赔偿。
4. 历史遗留问题处理
若占用因历史原因形成（如村集体调整土地、家族内部分配等），需结合当地政策处理：
- 若符合“一户一宅”等政策：可能需通过协商或行政程序解决，而非直接诉讼。
- 若涉及集体土地流转：需确认流转是否合法，你是否有权主张优先回购或补偿。
行动建议
- 收集证据：尽快整理权属证明、占用现场照片、协商记录、证人联系方式等。
- 咨询当地部门：向村委会、乡镇政府或自然资源部门了解占用情况及政策依据。
- 发函警告：委托律师向对方发送《律师函》，明确主张权利并要求限期返还。
- 提起诉讼：若协商无果，可向法院起诉，主张返还桩基、赔偿损失（需在诉讼时效内）。
提示：农村土地纠纷常涉及复杂的历史和政策因素，建议尽早行动以避免证据灭失或时效问题。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。