结论：在法定节假日上十二小时夜班，无论工作时间是否跨越0点，都算作加班，用人单位应按照不低于工资的300%支付加班费。
法律分析
法定节假日加班的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三项的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定明确了法定节假日加班的工资支付标准，即三倍工资，且并未对加班的具体时段（如是否跨越0点）作出限制。
加班时间的认定：
- 法定节假日是一个自然日，从0点到24点。只要劳动者在这个时间段内工作，无论工作时间长短，都应被认定为法定节假日加班。因此，十二小时夜班跨越法定节假日，自然属于加班范畴。
劳动合同与公司规章制度的影响：
- 虽然劳动法有明确规定，但劳动合同和公司规章制度中也可能对加班费的支付有具体规定。然而，这些规定不得低于劳动法规定的标准。如果劳动合同或公司规章制度中的规定低于劳动法标准，那么应以劳动法为准。
地方劳动法规的考量：
- 不同地区可能根据当地实际情况制定了具体的劳动法规。在处理法定节假日加班费问题时，除了参考全国性法律外，还需关注当地劳动法规的规定，以确保权益得到充分保障。
应对办法
查阅劳动合同与公司规章制度：
- 劳动者应首先查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于节假日加班工资的具体规定。如果发现规定低于劳动法标准，可以与用人单位沟通，要求按照法定标准支付工资。
与用人单位协商：
- 如果用人单位未按规定支付加班费，劳动者可以尝试与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通。在沟通时，可以明确指出法律规定，并要求用人单位按照法定标准支付工资。
向相关部门求助：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或咨询当地的人力资源和社会保障部门。这些部门可以提供专业的帮助和指导，协助劳动者维护自身权益。
申请劳动仲裁或诉讼：
- 如果问题仍无法解决，劳动者可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付法定节假日的三倍工资差额。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
示例说明
假设某劳动者的日工资为200元，在法定节假日上了十二小时夜班。根据劳动法规定，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬作为加班费。因此，该劳动者应获得的加班费为：200元 * 3 = 600元。如果用人单位未支付这笔加班费，劳动者可以按照上述应对办法维护自身权益。
综上所述，十二小时夜班跨越法定节假日算作加班，用人单位应按照不低于工资的300%支付加班费。劳动者在遇到此类问题时，应综合考虑劳动合同、公司规章制度及当地劳动法律法规的规定，采取合适的措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。