结论：一起上班时司机收车费，在出车祸的情况下，司机是否算非法营运，需根据具体情况判断，若未取得营运许可而收费载客，则可能构成非法营运；若已取得合法营运资质，则不属于非法营运。以下从不同角度进行分析：
一、非法营运的定义与构成要件
非法营运，通常指的是未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营活动的行为。其构成要件主要包括：
- 未取得营运许可：即未获得相关交通管理部门颁发的道路运输经营许可证或其他合法营运证件。
- 擅自从事营运活动：即未经许可，以营利为目的，提供道路运输服务，如载客、载货等。
二、司机收车费是否构成非法营运的分析
若司机未取得营运许可：
- 在这种情况下，即使司机是与同事一起上班，并收取了车费，如果这种行为被认定为以营利为目的的营运活动，且未经相关交通管理部门许可，那么司机就可能构成非法营运。
- 非法营运不仅可能面临交通管理部门的处罚，如罚款、扣车等，还可能因发生交通事故而承担更大的法律责任，因为非法营运车辆往往缺乏必要的保险和安全保障。
若司机已取得营运许可：
- 如果司机已经取得了合法的营运资质，如出租车运营证、网约车运营证等，那么即使他在上班途中收取了车费，也不构成非法营运。
- 在这种情况下，司机应遵守相关的营运规定和交通安全法规，确保行车安全。如果发生交通事故，应按照正常的交通事故处理程序进行处理。
三、实际案例与法律适用
- 在实际案例中，法院通常会根据司机的营运资质、收费行为的目的、是否以营利为主要目的等因素来综合判断司机是否构成非法营运。
- 如果司机只是偶尔与同事拼车，并收取少量费用以分摊油费、过路费等成本，且不以营利为主要目的，那么这种行为通常不会被认定为非法营运。
- 但是，如果司机长期、频繁地以营利为目的收取车费，且未取得营运许可，那么这种行为就很可能构成非法营运。
四、法律建议
对于司机而言：
- 如果打算从事营运活动，应提前了解并遵守相关的法律法规，取得合法的营运资质。
- 在营运过程中，应遵守交通安全法规，确保行车安全。
- 如果发生交通事故，应及时报警并保护现场，配合交通管理部门的调查和处理。
对于乘客而言：
- 在选择乘坐车辆时，应尽量选择具有合法营运资质的车辆，以确保自身安全。
- 如果发现司机存在非法营运行为，可以向相关交通管理部门举报。
最后，一起上班时司机收车费是否构成非法营运，需根据司机的营运资质、收费行为的目的等因素进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。