关于员工在企业微信撤回离职申请是否有效的问题，这实际上涉及到劳动合同解除的法律效力问题。以下是一个详细且深入的解答：

首先，我们需要明确的是，员工提出离职申请，在法律上通常被视为一种形成权，即一旦员工以书面形式（或在此案例中的企业微信，若其被公司认可为正式沟通渠道）通知用人单位解除劳动合同，且该通知到达用人单位时，即产生法律效力。这种解除权是劳动者单方面的，无需用人单位的同意。

接下来，我们分析撤回离职申请的情况。根据一般的法律原则，形成权的撤销或撤回需要在意思表示到达对方之前或之时进行。如果员工在提出离职申请后，想要撤回该申请，那么必须在离职申请到达公司之前，或者在公司尚未根据该申请采取任何行动（如审批、安排交接等）之前，及时通知公司撤回申请。

然而，在您提供的案例中，员工曾某某在2019年6月26日填写了离职申请表，并在6月27日得到了公司有关部门的审批同意。这意味着离职申请已经到达公司，并且公司已经根据该申请采取了行动。此后，曾某某在7月2日及7月10日要求撤销离职单，但此时已经超过了撤回解除意思表示的时间。

法院在判决中也明确指出，劳动者提前三十日或三日单方预告解除属于形成权，解除的意思一经到达对方即发生法律效力。形成权撤销的意思表示应在达到对方之前或之时撤回，如超过这个时间，不发生撤回的后果。

因此，结合上述分析，我们可以得出结论：在员工离职申请已经到达公司，并且公司已经根据该申请采取了行动（如审批）之后，员工再通过企业微信或其他方式撤回离职申请，通常是无效的。因为此时离职申请已经产生了法律效力，公司有权根据该申请进行后续处理。

当然，具体情况可能因公司政策、劳动合同条款以及当地法律法规的不同而有所差异。如果员工确实有特殊情况需要撤回离职申请，建议尽快与公司进行沟通协商，看是否能够达成一致意见并修改相关流程。但无论如何，员工都应该了解并尊重法律的规定和公司的政策。