目标公司支付股权转让款在一般情况下是不合法的，但在特定条件和程序下可以合法进行。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
公司独立法人地位与资本维持原则：
- 根据《公司法》的规定，公司是独立的法人主体，拥有独立的财产，并独立承担民事责任。股权转让是股东之间就其对公司享有的股权进行的交易，交易双方是转让股东和受让股东。目标公司并非股权转让合同的当事人，其财产独立于股东个人财产。
- 资本维持原则要求公司在运营过程中保持与其注册资本相当的资产，以确保公司的偿债能力和正常经营。若由目标公司支付股权转让款，会使公司资产直接减损，可能构成股东以股权转让的方式变相抽回出资，违反《公司法》中股东不得抽逃出资的规定，损害公司及其他债权人的利益。
合同相对性原则：
- 目标公司并非股权转让合同的当事人，却要承担支付转让款的义务，在合同相对性原则下是没有法律依据的。股权转让款的支付义务应由受让方承担，而非目标公司。
二、特殊情况下的合法性
全体股东一致同意并符合法定程序：
- 如果全体股东经过充分协商，就由目标公司承担股权转让款一事达成一致意见，并且通过合法的公司决议程序进行决策。同时，这种安排需要确保不会损害公司债权人的利益，例如在公司资产充足、承担该款项后仍有足够资产清偿债务的情况下，可通过修改公司章程、进行相应的财务处理等实施。但这种情况较为罕见，且需严格遵循相关法律法规和程序要求。
构成债务承担的法定情形：
- 如果满足债务承担的法律要件，如目标公司与转让方、受让方三方签订明确的债务承担协议，明确约定由目标公司代替受让方承担支付股权转让款的义务，并且该债务承担行为已通知公司债权人（如果可能影响债权人利益的话），那么从合同约定的角度看，这可能具有法律效力。但即便如此，在实际操作中也需要严格遵循相关法律程序和要求，确保不损害公司及其他债权人的利益。
符合法定程序的减资回购股权：
- 《公司法》允许公司在特定情况下回购本公司股份，如减少注册资本。回购过程需遵循严格的法定程序，包括召开股东会作出减资决议、编制资产负债表及财产清单、通知债权人并在报纸上公告等。在此情况下，公司以财产支付股权回购款是合法的，因为这属于公司资本结构的合法调整。但这种情况并不直接等同于目标公司支付股权转让款，而是公司在特定法律程序下的回购行为。
三、法律建议与风险防范
明确支付款项的来源和性质：
- 在进行股权转让时，应首先明确支付款项的来源和性质，确保不违反《公司法》和公司章程的规定。避免将公司财产与股东个人财产混淆，防止产生法律风险和纠纷。
咨询专业律师意见：
- 如遇特殊情况需要使用公司财产支付股权转让款，应咨询专业律师的意见，确保操作符合法律法规的要求。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助制定合法合规的支付方案。
完善公司章程和内部管理：
- 公司章程的制定和修改应谨慎对待，确保其中关于股权转让的条款合法、有效，且不损害公司和其他股东的利益。同时，加强公司内部管理，建立健全的财务制度和审批流程，防止股东滥用权利损害公司利益。
综上所述，目标公司支付股权转让款在一般情况下是不合法的，但在特定条件和程序下可以合法进行。在进行股权转让时，应严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保交易的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。