股权转让后再付款，这种操作本身并不违法，但具体是否合法需根据双方约定及实际履行情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上约定合同内容，包括付款方式和时间。因此，股权转让协议中约定“转让后再付款”是双方意思自治的体现，法律并不禁止。
合同履行与风险：
- 然而，这种约定也带来了合同履行上的风险。如果转让方在完成股权转让后，受让方未按约定付款，转让方可能面临无法及时收回款项的风险。此时，转让方需要依据合同约定和法律规定，通过法律途径来维护自己的权益。
股权转让登记：
- 股权转让需依法进行登记，以产生对外公示效力。如果双方约定“转让后再付款”，但未及时办理股权转让登记，可能影响股权转让的合法性和有效性。因此，在约定付款方式时，应考虑股权转让登记的时间节点和条件。
二、实际操作建议
明确约定付款条件：
- 在股权转让协议中，应明确约定付款的具体条件、时间和方式。例如，可以约定在股权转让登记完成后一定期限内付款，或者约定分期付款等。这样既可以保障转让方的权益，也可以给受让方一定的付款灵活性。
设置担保措施：
- 为了降低付款风险，双方可以协商设置担保措施。例如，受让方可以提供抵押物或保证人等，以确保在未按约定付款时，转让方能够通过法律途径实现债权。
及时办理股权转让登记：
- 双方应尽快办理股权转让登记手续，以确保股权转让的合法性和有效性。同时，在登记完成后，双方应按照约定履行付款义务。
三、可能面临的法律后果
违约责任：
- 如果受让方未按约定付款，转让方有权要求受让方承担违约责任。这包括要求受让方支付违约金、赔偿损失等。具体违约责任应根据合同约定和法律规定来确定。
合同解除权：
- 在受让方严重违约的情况下，转让方还有权解除合同，并要求受让方返还已转让的股权。但需要注意的是，合同解除权应在法定期限内行使，并遵循法定程序。
总结与建议：股权转让后再付款的操作本身并不违法，但双方应在协议中明确约定付款条件、时间和方式，并设置相应的担保措施以降低风险。同时，双方应及时办理股权转让登记手续，以确保股权转让的合法性和有效性。如果你在股权转让过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。