政府回收村集体土地上的厂房是否合法，需根据具体情形判断，主要取决于回收行为是否符合法定程序和实体条件。以下从不同角度展开分析：

1. 基于公共利益需要且履行法定程序时合法
   根据《土地管理法》第45条，为公共利益需要（如基础设施建设、公益事业等），政府可依法征收村集体土地。若厂房所在土地被纳入征收范围，且政府履行了以下程序，则回收行为合法：

   • 发布征收公告：明确征收范围、目的、补偿标准等；
     
   • 开展土地现状调查：确认土地权属、地上附着物（如厂房）情况；
     
   • 组织社会稳定风险评估；
     
   • 拟定补偿安置方案并公告，听取被征收人意见；
     
   • 签订补偿协议或作出补偿决定；
     
   • 申请法院强制执行（若被征收人拒不交地）。
     关键点：若政府未履行上述程序，或补偿标准明显低于市场价值，可能构成违法征收。

2. 非公共利益目的或程序违法时可能不合法
   若政府以非公共利益目的（如商业开发）强制回收村集体土地上的厂房，或未履行法定程序（如未公告、未评估、未补偿），则属于违法行为。此时，村集体或厂房所有权人可通过以下途径维权：

   • 行政复议：向上一级政府申请复议，要求撤销违法征收决定；
     
   • 行政诉讼：向法院提起诉讼，确认征收行为违法并要求赔偿；
     
   • 申请国家赔偿：若因违法征收导致财产损失，可要求政府赔偿。
     法律依据：《行政复议法》《行政诉讼法》《国家赔偿法》。

3. 特殊情形：集体经营性建设用地入市
   根据《土地管理法》第63条，符合规划的集体经营性建设用地，可由村集体通过出让、出租等方式交由单位或个人使用。若厂房所在土地已依法入市，政府无权随意回收，除非因公共利益需要且履行法定程序。
   例外：若厂房系违法建设（如未取得规划许可、占用基本农田），政府可依法拆除，但需遵循《行政强制法》规定的程序（如催告、公告、强制执行决定等）。

建议：若您面临此类问题，需重点核查以下材料：

• 政府发布的征收公告、补偿方案；
  
• 土地权属证明（如集体土地使用证）；
  
• 厂房建设审批文件（如规划许可、施工许可）；
  
• 政府与村集体或厂房所有权人签订的协议。
  

如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体证据为您分析法律风险及维权策略。