存疑不起诉后，主要由公安机关进行后续处理，同时涉及检察机关的监督与被不起诉人、被害人的相关权益保障。以下是具体处理流程与相关法律分析：
一、公安机关的处理
接收不起诉决定书与解除强制措施
- 公安机关在收到检察机关送达的存疑不起诉决定书后，应正式接收并仔细了解不起诉的具体理由。
- 若此前对犯罪嫌疑人采取了取保候审、监视居住等刑事强制措施，公安机关应立即解除这些强制措施，以保障犯罪嫌疑人的合法权益。例如，发放释放证明，通知犯罪嫌疑人的家属或其所在单位，并退还保证金等。
继续侦查与补充证据
- 存疑不起诉并不意味着案件终结。公安机关应继续对案件进行深入侦查，重新审查现有证据，寻找新的线索和物证，以期完善证据链条。
- 在侦查过程中，公安机关可以重新询问证人，收集新的物证、书证等。若发现新证据或线索，认为符合起诉条件时，应再次移送检察机关审查起诉，并提交详细的补充侦查报告书。
撤销案件
- 经过补充侦查，若公安机关仍然认为证据不足，不符合起诉条件，应依法作出撤销案件的决定。此时，需制作撤销案件报告书，报请县级以上公安机关负责人批准，并通知原移送的人民检察院。
申请复议或复核
- 如果公安机关认为检察机关的存疑不起诉决定有误，可以在规定时间内（一般为7日内）要求检察机关进行复议。若复议结果不被接受，还可向上一级检察机关提请复核。在此过程中，公安机关需配合提供案件材料和证据，充分说明应当起诉的理由和依据。
二、检察机关的监督与被不起诉人、被害人的权益保障
检察机关的监督
- 检察机关在作出存疑不起诉决定后，应继续对公安机关的后续处理进行监督，确保公安机关依法进行侦查、撤销案件或申请复议、复核等。
被不起诉人的权益保障
- 存疑不起诉意味着被不起诉人在法律上视为无罪。司法机关应采取措施，如发布声明、更正记录等，以消除因刑事诉讼给被不起诉人带来的不良社会影响。
- 被不起诉人若认为自己无辜，可积极寻找新证据，向检察院提交，请求重新审查。若检察院维持原决定，被不起诉人可考虑向上级检察院申请复议。
- 如因错误羁押或不当措施导致损失，被不起诉人有权根据国家赔偿法申请赔偿。
被害人的权益保障
- 检察机关应将不起诉决定书送达被害人，并告知其申诉权利。被害人不服时，可在规定时间内向上一级人民检察院申诉，或直接向人民法院提起自诉。
- 被害人若有充分证据证明被不起诉人侵犯其人身、财产权利，且检察院未予起诉，可向人民法院提起自诉，通过司法程序维护自身权益。
综合建议：存疑不起诉后的处理涉及多个法律主体和复杂的法律程序。公安机关应依法进行侦查、撤销案件或申请复议、复核等；检察机关应继续监督并保障被不起诉人和被害人的合法权益；被不起诉人和被害人也应积极行使自己的权利，维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。