使用公司年假通常不会扣全勤，但具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定及劳动合同中的相关条款。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律层面
年假的法定性：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，连续工作1年以上的职工有权享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
- 在年休假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。
全勤奖的考核标准与年假性质：
- 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
- 年假是劳动者的法定待遇，休假期间视为正常出勤，因此不应被视为影响全勤考核的因素。用人单位不得因员工依法休年假而扣除其全勤奖或降低其工资待遇。
公司规定与劳动合同
公司规章制度：
- 不同公司可能有各自特殊的规章制度，部分公司可能会将全勤奖与出勤天数挂钩，或者对全勤奖的评定有其他特定要求。
- 在这种情况下，员工应仔细查阅公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，以了解年休假与全勤奖之间的具体关系。
劳动合同条款：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确规定了年休假与全勤奖的关系，那么双方应按照合同约定执行。但合同条款不得违反法律法规的强制性规定，否则该条款可能无效。
实际操作建议
查看公司规定与劳动合同：
- 员工应首先查看公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，明确年休假与全勤奖的具体规定。
与人力资源部门沟通：
- 如果公司规定中存在不明确或不合理之处，员工应与人力资源部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
维护自身权益：
- 若公司拒绝遵守法律规定或合理规定，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
特殊情况处理
- 如果用人单位规章制度明确规定年休假不属于全勤范畴，并经过民主程序制定，内容不违反法律法规，且已向劳动者公示或告知，该规章制度对劳动者具有约束力。但此类规定可能存在争议，有可能被认定为限制劳动者合法权益而无效。在实际操作中需谨慎对待，建议用人单位在制定相关规章制度时充分考虑员工权益，避免引发纠纷。
总结来说，使用公司年假通常不会扣全勤，因为年假是法律赋予劳动者的合法权益。然而，具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定及劳动合同中的相关条款。员工应了解自己的权益和公司规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。