休年假通常不会扣全勤奖，但具体是否扣除需依据单位规章制度及劳动合同内容确定。以下从不同角度为您详细分析：
法律层面分析
年假的法定性：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年假是劳动者的法定权利，休假期间视为正常出勤，不应被视为影响全勤考核的因素。
全勤奖的性质：
- 全勤奖是单位为激励员工工作积极性和效率而设置的奖惩制度，通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。
单位规定与劳动合同的作用
单位规章制度的合法性：
- 单位可以依法制定规章制度，规定全勤奖金的发放条件。然而，这些规定不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯劳动者的合法权益。如果单位规定休年休假会扣除全勤奖，且该规定未经合法程序制定或未明确告知劳动者，那么该规定可能不具有法律效力。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定休年休假会扣除全勤奖，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位有权按照约定执行。但这种情况较为少见，因为通常劳动合同会遵循法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。
实际操作建议
查看公司规定：
- 在请年休假前，您应仔细查看公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，明确年休假与全勤奖的具体规定。如果公司规定中存在不明确或不合理之处，您可以向人力资源部门进行沟通协商。
沟通协商：
- 如果公司规定或劳动合同中确实存在休年休假会扣除全勤奖的条款，且您认为该条款不合理或违法，您可以与用人单位进行沟通协商，寻求合理的解决方案。例如，您可以提出调整全勤奖的发放条件或方式，以保障自己的合法权益。
维护权益：
- 若协商不成，且您认为用人单位的行为侵犯了您的合法权益，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在投诉或申请仲裁时，您需要提供相关证据证明用人单位的行为违法或不合理，以便维护自己的合法权益。
总结来说，休年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤。在一般情况下，用人单位不应因员工休年假而扣除其全勤奖。然而，具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定和劳动合同的约定。如果您在请年休假前遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。