公司变更法人，并非仅通过盖章就能变更合作合同。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法人变更与合同变更的法律关系
法人变更：法人变更是指法人的名称、住所、法定代表人等事项发生变更。其中，法定代表人的变更，是法人内部管理结构的变化，并不直接影响法人与外部主体签订的合同的效力。
合同变更：合同变更则是指合同内容的改变，包括合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等条款的变更。合同变更通常需要双方协商一致，并签订书面变更协议。
二、盖章在合同变更中的作用
盖章的法律意义：在合同中，盖章通常代表法人对合同内容的确认和接受，是法人行使权利、履行义务的一种方式。然而，盖章本身并不等同于合同变更，它只是合同变更过程中的一个环节。
仅盖章不足以变更合同：即使公司变更了法人，并加盖了新的公章，这并不意味着合作合同就自动发生了变更。合同变更需要双方协商一致，并签订书面变更协议。如果仅凭盖章就认为合同已经变更，可能会引发法律纠纷和风险。
三、公司变更法人后合作合同变更的正确方式
协商一致：公司变更法人后，如果需要变更合作合同，应当与合同对方进行协商，就变更事项达成一致意见。
签订书面变更协议：在协商一致的基础上，双方应当签订书面变更协议，明确变更的内容、生效时间等条款。变更协议应当加盖双方公章或合同专用章，并由法定代表人或授权代表签字确认。
履行变更手续：根据变更协议的内容，双方应当履行相应的变更手续，如修改合同文本、重新备案等。
四、可能涉及的法律后果
如果未经协商一致擅自变更合同：公司可能构成违约行为，需要承担违约责任，包括赔偿对方因此遭受的损失等。
如果变更协议存在瑕疵或无效情形：如变更协议内容违反法律法规强制性规定、存在欺诈或胁迫等情形，变更协议可能被认定为无效或可撤销，导致合同变更无法实现预期效果。
建议：公司变更法人后，如果需要变更合作合同，应当遵循合法、合规、协商一致的原则进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。