鉴定意见书违规出具，一般由司法行政部门或者相关行业协会进行处理，具体取决于违规的性质和严重程度。以下从不同角度进行详细分析：
司法行政部门处理：
- 法律依据：根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》等相关法律法规，司法行政部门负责对司法鉴定机构和司法鉴定人的登记、名册编制和公告，以及对司法鉴定活动的监督管理。
- 处理方式：如果鉴定意见书存在违规出具的情况，如鉴定人未取得相应资格、鉴定程序违法、鉴定意见明显依据不足等，司法行政部门有权对鉴定机构或鉴定人进行警告、罚款、停业整顿、撤销登记等行政处罚。
相关行业协会处理：
- 行业自律：除了司法行政部门的监管外，鉴定行业通常还有相应的行业协会进行自律管理。这些行业协会会制定行业规范，对会员单位进行监督和指导。
- 处理方式：如果鉴定意见书违规出具，行业协会也可以根据行业规范对涉事鉴定机构或鉴定人进行内部处理，如通报批评、取消会员资格等。
当事人救济途径：
- 申请重新鉴定：如果当事人认为鉴定意见书违规出具，影响了案件的公正处理，可以在诉讼过程中申请重新鉴定。法院会根据案件情况决定是否准许重新鉴定。
- 投诉举报：当事人还可以向司法行政部门或相关行业协会投诉举报违规出具鉴定意见书的行为，要求相关部门进行调查处理。
法律责任：
- 民事责任：如果鉴定意见书违规出具导致当事人遭受损失，鉴定机构或鉴定人可能需要承担相应的民事赔偿责任。
- 刑事责任：在极端情况下，如果鉴定意见书的违规出具涉及犯罪行为，如伪造证据、受贿等，鉴定机构或鉴定人还可能面临刑事责任的追究。
建议：
- 如果您发现鉴定意见书存在违规出具的情况，建议首先收集相关证据，如鉴定意见书、鉴定过程记录、鉴定人资格证明等。
- 然后，您可以向司法行政部门或相关行业协会进行投诉举报，要求相关部门进行调查处理。
- 如果涉及诉讼案件，您还可以在诉讼过程中申请重新鉴定，以维护自己的合法权益。
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